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- PDB-3gib: Crystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gib
タイトルCrystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A)
要素
  • 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
  • Protein hfq
キーワードRNA binding protein/RNA / RNA binding protein / Hfq-RNA complex / degradosome component / DNA-binding / RNA-binding / Stress response / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / RNA folding chaperone / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription ...sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / RNA folding chaperone / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Link, T.M. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of Escherichia coli Hfq bound to polyriboadenylate RNA
著者: Link, T.M. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
履歴
登録2009年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
H: 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4447
ポリマ－25,8234
非ポリマー6223
水1629
1
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
H: 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
ヘテロ分子

A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
H: 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,88914
ポリマ－51,6458
非ポリマー1,2446
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.534, 88.960, 39.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein hfq / Host factor-I protein / HF-I / HF-1


分子量: 7634.875 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal fragment (2-69) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4172, hfq, JW4130 / プラスミド: PTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 null hfq / 参照: UniProt: P0A6X3
#2: RNA鎖 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 298 K / pH: 9.5
詳細: 40% MPD, 0.1 M CHES 9.5, hanging drop, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2CHES11
3MPD12
4CHES12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→89.087 Å / Num. obs: 9714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8.142
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.537.10.4461.7980713850.44699.8
2.53-2.6870.2992.5920513090.299100
2.68-2.8770.1614.5871312480.161100
2.87-3.170.0947.2805211530.094100
3.1-3.396.90.06110.8734910610.06199.7
3.39-3.796.90.04313.866489700.04399.9
3.79-4.386.70.04212.958588780.042100
4.38-5.376.50.04313.248497470.043100
5.37-7.5960.03514.235615970.035100
7.59-89.0960.03415.321803660.03499.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å44.48 Å
Translation3.5 Å44.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 10.383 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 467 4.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 9680 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.26 Å2 / Biso mean: 61.557 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.32 Å2-0 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---3.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 199 39 9 1766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2232.1332470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2475188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86523.93966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31215278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8451511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5032984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.18731580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2292951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4953890
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 33 -
Rwork0.296 680 -
all-713 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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