PDB-3gi5: Crystal structure of protease inhibitor, KB62 in complex with wil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gi5

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, KB62 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Drug design / protease inhibitors / HIV-1 protease / Aspartyl protease / Hydrolase / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Altman, M.D. / Reddy, G.S. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Ozen, A. / Cao, H. / Gilson, M.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2009年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gi5.cif.gz	57.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gi5.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gi4C 3gi6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zpt-d 3qrm-d 1msm-d 3dox-d 2pk5-d 5ah6-d 1daz-d 4zls-d 2r5p-2 5ahb-d 5ivs-d 3gga-1 4mc2-d 3o9h-d 3nu9-d 3sac-d 3bgb-d 2fxd-d 1mt8-d 3ekv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.831, 58.342, 61.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K62 / (5S)-3-(3-Acetylphenyl)-N-[(1S,2R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)pr opyl]-2-oxo-5-oxazolidinecarboxamide / (5S)-3-(3-acetylphenyl)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-2- oxo-1,3-oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 651.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₇N₃O₉S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM sodium phosphate pH 6.2, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17324 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.092

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	3.5	0.339	1482	0.944	1	86.1
1.86-1.94	5.3	0.264	1720	1	1	99
1.94-2.03	6.3	0.23	1714	1.289	1	100
2.03-2.13	6.3	0.184	1733	1.486	1	99.8
2.13-2.27	6.3	0.127	1733	1.086	1	100
2.27-2.44	6.4	0.09	1745	1.032	1	99.8
2.44-2.69	6.4	0.071	1756	0.986	1	99.9
2.69-3.08	6.4	0.057	1774	1.03	1	100
3.08-3.88	6.3	0.043	1785	1.034	1	99.9
3.88-50	6.1	0.033	1882	0.947	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 1.8→25.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.95 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	875	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.171	17282	98.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.56 Å² / B_iso mean: 34.524 Å² / B_iso min: 19.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	51	173	1722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	2.021	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.677	3	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.138	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.511	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.908	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.819	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.502	1.5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.731	2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.997	3	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.468	4.5	577

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	44	-
R_work	0.255	1018	-
all	-	1062	-
obs	-	-	83.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9232	-2.4659	-0.7093	8.4867	0.4459	2.2157	-0.3503	-0.5347	0.1371	0.49	0.3233	0.07	0.0416	0.0452	0.027	-0.1045	0.0638	-0.0047	-0.118	-0.012	-0.2944	20.7926	25.6699	29.1635
2	4.6653	-2.921	-0.2601	4.4985	1.2548	5.248	-0.1588	-0.0424	-0.4633	0.2581	0.2075	0.4043	0.1634	-0.0675	-0.0488	-0.1587	-0.0028	0.0437	-0.2218	0.0332	-0.1511	19.5282	17.5952	22.789
3	3.1468	0.7234	0.4461	3.2599	0.3729	1.1013	0.0229	0.011	-0.0361	0.0466	-0.0341	-0.0138	-0.0295	0.0142	0.0112	-0.1504	0.0042	-0.0064	-0.1469	0.002	-0.1894	27.4978	28.4507	18.952
4	4.7958	-1.2229	0.95	4.6843	0.1364	2.0939	0.1172	-0.017	-0.1768	-0.0162	-0.0149	0.1904	-0.0647	0.0246	-0.1023	-0.167	0.0219	0.0246	-0.1753	0.0265	-0.1615	12.5601	26.7831	18.3493
5	18.0123	0.7569	-7.293	7.8939	1.6741	8.2011	-0.308	-0.5069	-0.3565	-0.0187	0.1945	-0.6515	0.225	0.5006	0.1135	-0.1601	0.0095	-0.0766	-0.189	0.0526	-0.1022	38.7422	30.47	24.0359
6	31.224	-13.3467	0.5315	6.3321	1.8554	6.9261	-0.1543	-0.4828	-1.0561	0.0853	0.0034	0.5653	0.1143	-0.5153	0.151	-0.234	-0.016	0.0204	-0.1755	0.0055	0.0066	1.4916	21.5948	17.7172
7	6.0523	-2.0484	-1.5928	7.0408	4.4492	7.6447	0.3161	-0.0175	-0.0087	-0.0085	0.0627	-0.5816	-0.3277	0.4824	-0.3787	-0.193	-0.0083	-0.0166	-0.1531	0.0434	-0.1069	39.5354	31.4696	10.5877
8	11.9789	-2.3062	-1.2532	10.1524	2.3311	3.2621	0.1813	0.1755	0.2265	0.0939	-0.0492	0.5534	0.0767	-0.4435	-0.1321	-0.2142	-0.0065	0.0105	-0.1205	0.0997	-0.168	0.6631	34.8942	13.9219
9	20.57	-2.7219	-3.3918	0.6364	-0.0532	2.4147	-0.0086	0.1752	0.0258	-0.0855	-0.1011	-0.0228	0.0044	-0.0678	0.1097	-0.1553	0.0067	-0.0047	-0.1525	-0.003	-0.1897	27.4272	31.0625	4.557
10	15.7364	-3.4534	-3.9348	4.0781	-1.2835	2.3721	0.2348	0.2731	0.0661	-0.118	0.0656	0.2585	-0.1382	-0.0222	-0.3004	-0.1532	0.0168	-0.0063	-0.1283	0.0062	-0.1489	12.8062	39.4333	11.589
11	1.2773	0.6062	-1.2455	7.2666	-2.1661	3.2077	0.0352	0.0608	0.2008	0.1566	-0.0641	0.2111	-0.2342	-0.0333	0.0289	-0.1709	-0.0109	-0.0182	-0.1512	0.007	-0.1604	29.1064	33.1157	14.7288
12	7.9315	-5.6331	6.3023	11.0491	-7.4328	6.2481	0.2873	0.2163	-0.0362	-0.2818	-0.0502	0.2265	0.3769	0.1052	-0.2371	-0.1478	0.026	-0.0116	-0.1402	0.017	-0.1551	10.3464	29.3843	12.5187
13	4.4627	0.0749	0.7485	2.1596	-0.1123	2.2312	-0.0769	-0.0344	-0.1226	-0.0338	-0.0846	-0.0405	-0.1097	0.0986	0.1614	-0.1415	0.0144	0.0124	-0.1559	-0.0069	-0.117	28.8284	19.8151	19.4139
14	1.6841	-2.3303	-0.8859	3.7882	-0.0641	3.4173	-0.3113	-0.3406	-0.0986	-0.1176	0.2272	0.2747	0.0082	-0.0773	0.0841	-0.14	0.0348	0.0378	-0.1017	0.0251	-0.1575	11.413	28.377	26.854
15	1.1599	-2.6031	0.6739	13.2478	-14.2324	22.239	0.0529	0.179	-0.4179	-0.3903	-0.7543	-0.5304	0.445	0.7654	0.7013	-0.2473	0.0217	0.0538	-0.1179	0.0586	-0.0818	39.0483	23.6767	10.5499
16	10.0294	11.5967	-8.2939	14.4976	-13.8307	23.3779	0.5959	-0.158	0.6354	0.462	0.1488	0.345	-0.4365	-0.1853	-0.7447	-0.2264	0.0988	0.0328	-0.1807	0.0201	-0.0701	1.2708	36.3374	21.0353
17	22.9048	1.7351	-12.632	11.5587	-1.7292	19.9921	0.0309	-0.032	0.9391	0.5574	0.2411	-0.2489	-0.2324	0.0574	-0.272	-0.188	-0.0128	-0.1021	-0.2478	0.0071	-0.0847	36.9384	24.4412	23.8982
18	41.0642	-31.3606	3.972	39.6402	3.5681	15.9989	0.1091	1.1319	-0.1227	-0.09	-0.4067	-0.1609	0.7459	0.4671	0.2976	-0.2171	0.0228	0.0659	-0.1798	0.0322	-0.1216	3.0398	23.1213	23.6806
19	2.3092	-0.5355	2.9337	2.076	-1.2118	8.244	-0.1333	0.0849	0.0128	0.039	-0.237	-0.4146	0.0543	0.0908	0.3703	-0.1735	-0.0033	0.003	-0.1856	0.0155	-0.1276	35.7947	22.1662	17.3736
20	1.5477	2.6004	-4.0911	11.6019	-9.0249	11.4541	0.0784	-0.2108	0.0119	-0.1223	0.0841	0.7506	0.037	0.1524	-0.1625	-0.2225	0.0437	0.0173	-0.1451	0.0567	-0.0638	4.0247	29.4609	24.686
21	4.3441	-2.6529	-3.6488	12.5001	7.4319	13.5233	0.0775	0.2646	0.0669	-0.3168	-0.0643	0.1569	-0.1848	0.0845	-0.0132	-0.056	0.0092	-0.0067	-0.0543	0.0002	-0.1104	19.1696	29.7545	12.7843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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