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- PDB-3ggj: Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ggj
タイトルHuman hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex with 9-(2-phosphonoethoxyethyl)guanine
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / purine salvage / anti-malarial chemotherapeutic / acyclic nucleoside phosphonate / Disease mutation / Glycosyltransferase / Gout / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process ...adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / IMP metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / grooming behavior / Purine salvage / GMP salvage / IMP salvage / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / Azathioprine ADME / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-25H / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Keough, D.T. / Jersey, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Inhibition of hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase by acyclic nucleoside phosphonates: a new class of antimalarial therapeutics.
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Holy, A. / Naesens, L.M. / Skinner-Adams, T.S. / Jersey, J. / Guddat, L.W.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5694
ポリマ－48,9622
非ポリマー6062
水1,982110
1
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1388
ポリマ－97,9254
非ポリマー1,2134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area34760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.189, 72.754, 51.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-274-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRTase / HGPRT


分子量: 24481.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT, HPRT1, HPT / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): sphi606
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-25H / {2-[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethoxy]ethyl}phosphonic acid / 9-(2-phosphonoethoxyethyl)guanine / 2-アミノ-9-[2-(2-ホスホノエトキシ)エチル]-9H-プリン-6(1H)-オン


分子量: 303.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N5O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M citrate, 10% iso-propanol, 29% PEG 4000, 3.3mM inhibitor , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→27.78 Å / Num. all: 13454 / Num. obs: 13236 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1320 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.5.0066精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3GEP

3gep


解像度: 2.6→27.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 30.992 / SU ML: 0.318 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29521 657 5 %RANDOM
Rwork0.2363 ---
obs0.2393 12574 98.72 %-
all-13236 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3289 0 40 110 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.9944611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0225423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41623.889144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.04315581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.11521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9731.52113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7623403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19631289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0954.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 52 -
Rwork0.275 895 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66570.0519-0.25360.9642-0.17260.4733-0.08460.03350.14160.07940.02460.03030.102-0.02370.06010.1160.02180.01640.14240.02960.128310.24746.163717.079
21.84640.3194-2.22786.1922-1.18487.9117-0.09740.03170.2714-0.50970.06720.17610.14-0.23430.03030.0513-0.0033-0.05360.0085-0.01480.177110.515266.5317.5438
30.08570.14680.04771.82840.74041.6265-0.0740.01910.109-0.10830.0342-0.2017-0.019-0.02280.03980.09040.0073-0.04470.13240.04330.274817.358454.921612.8509
40.2824-0.46610.4071.706-0.34970.91670.0811-0.0003-0.0627-0.3049-0.01510.079-0.0890.0936-0.0660.17480.00170.0010.15740.00890.11829.272825.499610.2346
50.1077-0.3330.04542.9115-0.03970.099-0.002-0.056-0.0942-0.4641-0.00010.32630.0945-0.05580.00210.2819-0.0018-0.03670.0533-0.00770.34678.72844.682310.4721
60.2207-0.18310.37992.02140.19822.24180.1001-0.0233-0.0715-0.21160.0623-0.16320.17260.1338-0.16250.11490.0250.00130.10070.00890.161815.072716.37314.313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3A131 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5B101 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6B131 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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