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- PDB-3gfp: Structure of the C-terminal domain of the DEAD-box protein Dbp5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfp
タイトルStructure of the C-terminal domain of the DEAD-box protein Dbp5
要素DEAD box protein 5
キーワードHYDROLASE / mRNA export / ATPase / RecA-fold / ATP-binding / Helicase / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / RNA-binding / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular bud tip / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / translational termination / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear membrane ...cellular bud tip / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / translational termination / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear membrane / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Erzberger, J.P. / Dossani, Z.Y. / Weirich, C.S. / Weis, K. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the C-terminus of the mRNA export factor Dbp5 reveals the interaction surface for the ATPase activator Gle1
著者: Dossani, Z.Y. / Weirich, C.S. / Erzberger, J.P. / Berger, J.M. / Weis, K.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEAD box protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3681
ポリマ－21,3681
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.423, 82.423, 56.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DEAD box protein 5 / ATP-dependent RNA helicase DBP5 / Helicase CA5/6 / Ribonucleic acid-trafficking protein 8


分子量: 21367.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Helicase C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DBP5, RAT8, YOR046C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL
参照: UniProt: P20449, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M Na/K HPO4, 100mM Na cacodylate pH 6.5, 8% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9795,1.0332,1.11588
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.03321
31.115881
反射解像度: 1.7→56.6 Å / Num. all: 24212 / Num. obs: 24212 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.32 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22999 1016 5 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.19315 19340 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 0 153 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.9591959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2195180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.50424.24266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02815268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4911510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8511.5919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25121454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0113588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9654.5505
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 80 -
Rwork0.23 1404 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0484-0.21510.19011.3285-0.0990.7842-0.12960.06420.10110.0240.0543-0.0772-0.090.06490.0753-0.0285-0.0184-0.0466-0.03260.0337-0.0399-19.9794-19.9272-8.413
20.4479-0.25930.16241.0719-0.10580.411-0.10490.07780.04720.01560.0276-0.0478-0.04110.01620.0773-0.0344-0.009-0.0237-0.00960.0351-0.0479-21.7709-20.7604-9.6589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A300 - 479
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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