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- PDB-3tbe: The crystal structure of the complex of Streptococcus agalactiae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbe
タイトルThe crystal structure of the complex of Streptococcus agalactiae sortase C1 and MTSET
要素Sortase family protein
キーワードHYDROLASE / Beta-barrel / Pili-biogenesis / 2-(trimethylammonium)-ethyl-methanethiosulfonate bromide
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / Sortase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Khare, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure Analysis of Group B Streptococcus Sortase C1: A Model for the "Lid" Movement upon Substrate Binding.
著者: Khare, B. / Fu, Z.Q. / Huang, I.H. / Ton-That, H. / Narayana, S.V.
履歴
登録2011年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase family protein
B: Sortase family protein
C: Sortase family protein
D: Sortase family protein
E: Sortase family protein
F: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,88918
ポリマ－154,6516
非ポリマー1,23712
水1,946108
1
A: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8952
ポリマ－25,7751
非ポリマー1201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0884
ポリマ－25,7751
非ポリマー3123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0274
ポリマ－25,7751
非ポリマー2523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9923
ポリマ－25,7751
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8952
ポリマ－25,7751
非ポリマー1201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Sortase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9923
ポリマ－25,7751
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.410, 70.650, 194.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A5 - 200
2112B5 - 200
1122C5 - 200
2122D5 - 200
1132E5 - 200
2132F5 - 200

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Sortase family protein / Sortase C1 / Pilus-specific sortase


分子量: 25775.227 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 43-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
株: SAG 2603V/R / 遺伝子: SAG0647 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue
参照: UniProt: Q8E0S7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ETM / 2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / チオコリン


分子量: 120.236 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 5% PEG3350, 0.446 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→196.116 Å / Num. all: 39189 / Num. obs: 38964 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
PHASER位相決定
CNS精密化
StructureStudioデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TB7

3tb7


解像度: 2.85→27.707 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 18.486 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.36 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29604 1956 5 %RANDOM
Rwork0.25033 ---
obs0.25266 36974 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.05 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→27.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8832 0 68 108 9008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.96812306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02151130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.29923.643398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.865151475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9561566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.55699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01729152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07233363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7614.53154
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A692TIGHT POSITIONAL0.060.05
1A658MEDIUM POSITIONAL0.070.5
1A692TIGHT THERMAL0.580.5
1A658MEDIUM THERMAL0.652
2C672TIGHT POSITIONAL0.080.05
2C634MEDIUM POSITIONAL0.10.5
2C672TIGHT THERMAL1.20.5
2C634MEDIUM THERMAL1.332
3E676TIGHT POSITIONAL0.050.05
3E635MEDIUM POSITIONAL0.090.5
3E676TIGHT THERMAL0.890.5
3E635MEDIUM THERMAL0.942
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 128 -
Rwork0.376 2763 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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