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- PDB-3gfb: L-Threonine Dehydrogenase (TkTDH) from the hyperthermophilic arch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfb
タイトルL-Threonine Dehydrogenase (TkTDH) from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Cytoplasm / Metal-binding / NAD / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine catabolic process to glycine / L-threonine 3-dehydrogenase activity / threonine metabolic process / amino acid binding / NAD+ binding / protein homotetramerization / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-threonine 3-dehydrogenase / : / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...L-threonine 3-dehydrogenase / : / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-threonine 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bowyer, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the l-threonine dehydrogenase (TkTDH) from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis
著者: Bowyer, A. / Mikolajek, H. / Stuart, J.W. / Wood, S.P. / Jamil, F. / Rashid, N. / Akhtar, M. / Cooper, J.B.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
B: L-threonine 3-dehydrogenase
C: L-threonine 3-dehydrogenase
D: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,20218
ポリマ－152,5884
非ポリマー3,61414
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17750 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area48430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.481, 124.481, 271.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase


分子量: 38147.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: tdh, TK0916 / プラスミド: pET-8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q5JI69, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.05 M sodium citrate, 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 5%(v/v) glycerol and 0.1 mM zinc chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→73.92 Å / Num. obs: 84056 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 9511 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DFV

2dfv


解像度: 2.4→73.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.937 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27659 4215 5 %RANDOM
Rwork0.21737 ---
obs0.22039 79730 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10672 0 226 491 11389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.02211186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7721.99215236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.35951384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.66124.587436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.023151820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.491536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.190.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.028332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.25447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.27234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5591.57208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.545211136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.71934770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4164.54100
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 281 -
Rwork0.22 5790 -
obs-141093 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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