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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pxs
タイトルCrystal structure of iminodiacetate oxidase (IdaA) from Chelativorans sp. BNC1
要素FAD dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / iminodiacetate / oxidase / bioredmediation / EDTA / chelativorans
機能・相同性FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD dependent oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Chelativorans sp. BNC1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.836 Å
データ登録者Jun, S.Y. / Lewis, K.M. / Xun, L. / Kang, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1804699 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI 0959778 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical characterization of iminodiacetate oxidase from Chelativorans sp. BNC1.
著者: Kang, C. / Jun, S.Y. / Bravo, A.G. / Vargas, E.M. / Liu, H. / Lewis, K.M. / Xun, L.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD dependent oxidoreductase
B: FAD dependent oxidoreductase
C: FAD dependent oxidoreductase
D: FAD dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7058
ポリマ－160,5634
非ポリマー3,1424
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area51360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.457, 113.457, 266.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
FAD dependent oxidoreductase


分子量: 40140.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chelativorans sp. BNC1 (バクテリア)
株: BNC1 / 遺伝子: Meso_1828 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q11HA4
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M tris pH 8.5, 0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 20% (w/v) PEG MME 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 43608 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Rpim(I) all: 0.137 / Rrim(I) all: 0.499 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 548682
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.8545.98520660.0443.1996.8340.86496.2
2.85-2.95.85.73121160.1072.516.280.89699.5
2.9-2.967.85.17521430.1551.9245.5330.938100
2.96-3.029.74.17521310.2771.3894.4060.959100
3.02-3.0811.73.53421560.3381.0693.6940.992100
3.08-3.1513.12.83621430.4430.8092.950.995100
3.15-3.2314.11.92821490.5450.52921.069100
3.23-3.3214.51.58321540.6690.4281.641.078100
3.32-3.4214.61.23121510.7450.3331.2751.083100
3.42-3.5314.51.01621720.840.2751.0531.09100
3.53-3.6514.50.78921710.8890.2140.8171.133100
3.65-3.814.50.68221520.9260.1850.7071.201100
3.8-3.9714.40.5621630.9590.1520.5811.054100
3.97-4.1814.40.39821930.9870.1080.4121.037100
4.18-4.4414.30.31321890.9820.0860.3240.901100
4.44-4.7914.20.23321990.9910.0640.2421.043100
4.79-5.2714.10.2222060.9920.060.2280.973100
5.27-6.0313.60.24322430.9880.0680.2521.008100
6.03-7.5913.80.16622770.9950.0460.1730.956100
7.59-5013.20.05524340.9990.0160.0570.939100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RYI

1ryi


解像度: 2.836→49.842 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1952 4.75 %
Rwork0.2175 39142 -
obs0.2191 41094 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.26 Å2 / Biso mean: 67.5283 Å2 / Biso min: 14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.836→49.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10864 0 336 30 11230
Biso mean--51.47 47.5 -
残基数----1478
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.836-2.9070.3973940.4134196470
2.907-2.98550.3831390.3852272197
2.9855-3.07340.35561400.33342798100
3.0734-3.17260.36081390.31782807100
3.1726-3.28590.35091400.28672816100
3.2859-3.41750.26191410.26422826100
3.4175-3.5730.28411420.23442846100
3.573-3.76130.26091400.23212820100
3.7613-3.99680.26931430.20932838100
3.9968-4.30530.20571430.1822868100
4.3053-4.73820.21211440.16382889100
4.7382-5.42320.20141440.16762886100
5.4232-6.82980.24621470.20372942100
6.8298-49.8420.1931560.17813121100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0145-0.6170.9252.1982-0.89281.6539-0.04820.0442-0.09320.01480.12550.11950.2412-0.1754-00.3594-0.07520.01960.3556-0.03480.29345.1244-19.4317.1384
20.05320.02930.22231.9394-0.37110.95910.01190.186-0.08870.01850.1026-0.20430.1644-0.04310.00660.3394-0.0238-0.00780.3091-0.05950.297453.9524-18.515.8443
30.5199-0.4957-0.65451.4214-0.1651.26470.11150.0565-0.0316-0.00840.14430.3312-0.011-0.29270.21460.345-0.00320.02250.40730.09130.444435.08246.732329.7182
40.7608-1.25510.16172.5074-0.42491.22930.0602-0.09630.08450.27450.06830.0341-0.1726-0.18030.00220.34230.01030.07670.3384-0.00370.323943.701712.802129.8321
51.16650.0032-0.53762.18750.65781.7878-0.03440.00510.06470.03790.1219-0.4053-0.23620.46250.00080.298-0.0911-0.06490.35070.04910.316674.708724.29217.2502
60.80560.5144-0.07672.16410.31990.5434-0.01540.0770.06230.04920.0664-0.077-0.1280.109-00.3714-0.048-0.0630.32040.03910.323965.078524.04447.762
70.2038-0.32720.24181.37630.37380.93290.0085-0.05270.20460.0175-0.1172-0.563-0.09650.260700.383-0.0384-0.07370.44220.09050.805187.0258-7.723932.5856
80.9799-0.8471-0.27513.36790.8730.22160.1245-0.03080.01640.0784-0.1333-0.45740.07120.1002-00.38040.0124-0.05460.29720.10610.356577.9736-17.072828.0175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 192)A1 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 193 through 370)A193 - 370
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 1 through 185)B1 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 186 through 370)B186 - 370
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 2 through 187)C2 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 188 through 370)C188 - 370
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'D' and resid 2 through 170)D2 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resid 171 through 370)D171 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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