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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wy8 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Tcur3481-Tcur3483 steroid ACAD | |||||||||
Components | (Acyl-CoA dehydrogenase domain protein ...) x 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Steroid degradation / Acyl-CoA acyl dehydrogenase / flavin | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationoxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Thermomonospora curvata (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Kimber, M.S. / Stirling, A.J. / Seah, S.Y.K. | |||||||||
| Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020Title: A Key Glycine in Bacterial Steroid-Degrading Acyl-CoA Dehydrogenases Allows Flavin-Ring Repositioning and Modulates Substrate Side Chain Specificity. Authors: Stirling, A.J. / Gilbert, S.E. / Conner, M. / Mallette, E. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wy8.cif.gz | 723.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wy8.ent.gz | 494.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wy8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy8 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6wy9C ![]() 4x28S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Acyl-CoA dehydrogenase domain protein ... , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 38102.945 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (bacteria)Strain: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9 Gene: Tcur_3481 / Plasmid: pBTLT7 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 44364.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (bacteria)Strain: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9 Gene: Tcur_3483 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 1015 molecules 










| #3: Chemical | | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5000 MME, and 0.1 M MES |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→48.52 Å / Num. obs: 91651 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 24.69 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 11.83 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 5.8 % / Num. unique obs: 6694 / CC1/2: 0.833 / Rsym value: 0.872 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4X28 Resolution: 2.1→48.52 Å / SU ML: 0.1976 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.8793
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 30.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.52 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thermomonospora curvata (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 2items
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