PDB-3gew: FaeE-FaeG chaperone-major pilin complex of F4 ad fimbriae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gew

タイトル

FaeE-FaeG chaperone-major pilin complex of F4 ad fimbriae

要素

Chaperone protein faeE
K88 fimbrial protein AD

キーワード

CELL ADHESION / immunoglobulin like fold / Fimbrium / Chaperone / Immunoglobulin domain

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus / chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of pre- and postpolymerization states in the F4 fimbrial subunit FaeG
著者: Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / De Kerpel, M. / Wyns, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

履歴

登録	2009年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gew.cif.gz	316.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gew.ent.gz	257.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3gew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3gew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3geaC 3gfuC 3gghC 3hlrC 2j6gS 3f65S 2j6r 3f6i 3f6l S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hdx-d 6qu2-1 4irl-1 5xcr-1 4rny-1 3l6j-d 6uzm-d 1tdo-d 2oi9-d 6dq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Chaperone protein faeE

C: Chaperone protein faeE

D: K88 fimbrial protein AD

A: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chaperone protein faeE

A: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Chaperone protein faeE

D: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.576, 89.757, 85.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chaperone protein faeE / FaeE 分子量: 24801.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: C1360-79 / 遺伝子: faeE / プラスミド: pEXP55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P25401
#2: タンパク質	K88 fimbrial protein AD / FaeGntd / K88 pilin / K88 antigen 分子量: 26686.764 Da / 分子数: 2 / Fragment: FaeGntd / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: C1360-79 / 遺伝子: faeG / プラスミド: pEXP55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P14191
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP ...THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP RESIDUE 59) IS CONFLICT OF FAEG3_ECOLX.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化	温度: 283 K / pH: 4.6 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Na acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.95369
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35 Å / Num. obs: 68837 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.91
反射シェル	解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F65 AND 2J6G

3f65

2j6g

解像度: 2→17.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	3478	5.06 %
R_work	0.223	-	-
obs	0.225	68789	99.2 %
all	-	68837	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.7 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.674 Å²	-0 Å²	0.324 Å²
2-	-	-1.342 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.669 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6069	0	72	299	6440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	8481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.042	2123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	986
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0043-2.0318	0.3662	102	0.3228	2175	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0318-2.0607	0.2897	121	0.3039	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0607-2.0915	0.3388	127	0.2995	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0915-2.1241	0.328	133	0.2757	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1241-2.1589	0.3178	153	0.2613	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1589-2.196	0.3247	141	0.2568	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.2359	0.3074	153	0.2546	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2359-2.2788	0.3025	138	0.248	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2788-2.3252	0.2659	150	0.2401	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3252-2.3757	0.3035	113	0.2402	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3757-2.4308	0.3042	154	0.2436	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4308-2.4914	0.3079	137	0.234	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4914-2.5586	0.3007	160	0.2326	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5586-2.6337	0.2641	136	0.2309	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6337-2.7184	0.27	130	0.237	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7184-2.8152	0.3109	154	0.2396	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8152-2.9274	0.2651	135	0.2291	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9274-3.0601	0.2743	145	0.2299	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0601-3.2205	0.2717	146	0.2196	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2205-3.421	0.2417	131	0.2172	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.421-3.683	0.2642	144	0.2036	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.683-4.0497	0.219	140	0.191	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0497-4.6269	0.1942	136	0.1663	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6269-5.7963	0.1927	157	0.1787	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7963-17.8938	0.2468	142	0.2238	2679	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8297	0.3079	-0.0327	0.7049	0.1373	1.0683	-0.0598	0.2268	0.0971	-0.0623	0.0745	-0.0054	0.0002	-0.1	-0.0314	0.1556	-0.0094	0.0097	0.2498	0.0039	0.1634	38.7388	33.1359	43.5763
2	0.9697	0.2395	-0.2247	0.2676	-0.0203	0.7468	-0.0391	0.179	0.1025	-0.0144	0.0305	0.0164	-0.0212	-0.2338	-0.0131	0.1752	-0.0054	-0.0189	0.2972	0.0274	0.1602	18.8026	28.7499	58.5872
3	0.3805	0.2363	0.0445	0.4976	0.0076	0.0353	-0.0106	-0.0019	-0.1326	-0.0213	0.0092	-0.0405	0.0996	-0.042	0.0015	0.1039	0.0053	-0.0081	0.0463	0.01	0.1051	41.5931	29.3277	85.0272
4	0.9093	-0.4533	-0.1057	0.6855	-0.0905	0.7153	-0.025	-0.2638	0.0723	0.051	0.0771	0.0202	-0.0273	-0.0054	-0.0615	0.0528	0.0009	0.0164	0.1285	0.0118	0.0723	20.6458	33.2058	99.7095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A	A	11 - 770
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B	B	1 - 768
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C	C	1 - 759
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D	D	12 - 765

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関連情報:EMDBヘッダ

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