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- PDB-3ge2: Crystal structure of putative lipoprotein SP_0198 from Streptococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ge2
タイトルCrystal structure of putative lipoprotein SP_0198 from Streptococcus pneumoniae
要素Lipoprotein, putative
キーワードLIPOPROTEIN / beta-barrel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF3642, lipoprotein / Bacterial lipoprotein / Lipocalin - #50 / D-aminopeptidase/lipoprotein domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DUF3642 domain-containing protein / Lipoprotein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Lipoprotein SP_0198 from Streptococcus pneumoniae
著者: Kim, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5577
ポリマ－14,1141
非ポリマー4436
水1,47782
1
A: Lipoprotein, putative
ヘテロ分子

A: Lipoprotein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,11314
ポリマ－28,2282
非ポリマー88612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area1010 Å2
ΔGint-7.5 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.007, 106.007, 64.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

K

21A-202-

CL

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein, putative


分子量: 14113.791 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-152 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal MBP-fusion with TVMV protease cut-site which is cleaved in vivo and a 6-His tag with TEV protease cut site
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: A5M522, UniProt: A0A0H2UNA1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE PROVIDED BY AUTHORS IS THE SEQUENCE OF THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION. ...THE PROTEIN SEQUENCE PROVIDED BY AUTHORS IS THE SEQUENCE OF THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION. CHYMOTRYPSIN HAS BEEN INCLUDED AT 1:100 RATIO IN THE CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40.9 Å / Num. all: 11211 / Num. obs: 11211 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 537 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.203→37.421 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 527 4.72 %random
Rwork0.189 ---
all0.191 11161 --
obs0.191 11161 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.727 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0853 Å20 Å20 Å2
2--1.0853 Å20 Å2
3----2.1706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→37.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数683 0 26 82 791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.203-2.42440.23891190.20092578269799
2.4244-2.77520.22011340.180626282762100
2.7752-3.4960.19891460.165126512797100
3.496-37.4260.22341280.19022777290998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.2015 Å / Origin y: 31.4046 Å / Origin z: 32.0837 Å
111213212223313233
T0.2683 Å20.0408 Å20.0158 Å2-0.3028 Å20.008 Å2--0.2592 Å2
L0.8036 °2-0.193 °20.0008 °2-1.6087 °2-0.1458 °2--1.6605 °2
S-0.0249 Å °-0.1256 Å °-0.061 Å °0.0796 Å °0.0193 Å °0.1684 Å °0.1673 Å °-0.0522 Å °0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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