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- PDB-3gdh: Methyltransferase domain of human Trimethylguanosine Synthase 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gdh
タイトルMethyltransferase domain of human Trimethylguanosine Synthase 1 (TGS1) bound to m7GTP and adenosyl-homocysteine (active form)
要素Trimethylguanosine synthase homolog
キーワードTRANSFERASE / m7G / cap / dimethyltransferase / UsnRNA / snoRNA / telomerase / Cytoplasm / Methyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex biogenesis / RNA cap trimethylguanosine synthase activity / RNA methyltransferase activity / 7-methylguanosine cap hypermethylation / small nuclear ribonucleoprotein complex / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression ...ribonucleoprotein complex biogenesis / RNA cap trimethylguanosine synthase activity / RNA methyltransferase activity / 7-methylguanosine cap hypermethylation / small nuclear ribonucleoprotein complex / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / : / snRNP Assembly / nucleolus / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA cap guanine-N2 methyltransferase / RNA cap guanine-N2 methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Trimethylguanosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Monecke, T. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for m7G-cap hypermethylation of small nuclear, small nucleolar and telomerase RNA by the dimethyltransferase TGS1.
著者: Monecke, T. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trimethylguanosine synthase homolog
B: Trimethylguanosine synthase homolog
C: Trimethylguanosine synthase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,38014
ポリマ－80,2313
非ポリマー3,14811
水7,368409
1
A: Trimethylguanosine synthase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8195
ポリマ－26,7441
非ポリマー1,0754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trimethylguanosine synthase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7434
ポリマ－26,7441
非ポリマー9993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Trimethylguanosine synthase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8195
ポリマ－26,7441
非ポリマー1,0754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.248, 156.248, 100.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Trimethylguanosine synthase homolog / Nuclear receptor coactivator 6-interacting protein / PRIP-interacting protein with ...Nuclear receptor coactivator 6-interacting protein / PRIP-interacting protein with methyltransferase motif / PIPMT / PIMT / CLL-associated antigen KW-2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 137


分子量: 26743.785 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 618-853 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGS1, HCA137, NCOA6IP, PIMT / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96RS0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 420分子

#2: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, pH 6, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月5日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 61489 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.464
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2-2.072.40.359100
2.07-2.152.40.281100
2.15-2.252.40.205100
2.25-2.372.40.149100
2.37-2.522.40.121100
2.52-2.712.40.089100
2.71-2.992.40.062100
2.99-3.422.50.043100
3.42-4.312.50.03299.7
4.31-302.50.02798.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 3134 5.1 %
Rwork0.18 --
obs0.182 61430 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.39 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.089 Å20 Å20 Å2
2---1.089 Å2-0 Å2
3---2.178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4974 0 202 409 5585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9147228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3942042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0320.2851620.2382563X-RAY DIFFRACTION100
2.032-2.0660.2821390.2352698X-RAY DIFFRACTION100
2.066-2.1010.2741230.2282664X-RAY DIFFRACTION100
2.101-2.1390.2751550.2172671X-RAY DIFFRACTION100
2.139-2.1810.2461250.2122665X-RAY DIFFRACTION100
2.181-2.2250.2411560.1962611X-RAY DIFFRACTION100
2.225-2.2730.2271430.2022687X-RAY DIFFRACTION100
2.273-2.3260.2971330.1982633X-RAY DIFFRACTION100
2.326-2.3840.2451530.2012658X-RAY DIFFRACTION100
2.384-2.4490.2431260.2032675X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.5210.261280.1952668X-RAY DIFFRACTION100
2.521-2.6020.2181620.22657X-RAY DIFFRACTION100
2.602-2.6950.2721410.1932636X-RAY DIFFRACTION100
2.695-2.8030.241370.1912664X-RAY DIFFRACTION100
2.803-2.930.2151370.1852658X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.0850.2261390.1762645X-RAY DIFFRACTION100
3.085-3.2780.2221500.1762660X-RAY DIFFRACTION100
3.278-3.530.1891520.1612658X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.8850.171160.152672X-RAY DIFFRACTION100
3.885-4.4460.1671450.1372630X-RAY DIFFRACTION100
4.446-5.5950.1521600.1382653X-RAY DIFFRACTION100
5.595-29.6590.1741520.1662570X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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