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万見
- PDB-6yv5: Crystal Structure of Serine protease SplB N3Q/S154R from Staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yv5
タイトルCrystal Structure of Serine protease SplB N3Q/S154R from Staphylococcus aureus
要素Serine protease
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Spl / serine protease-like
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Rangel Pereira, M.R. / Brear, P. / Knyphausen, P. / Jermutus, L. / Hollfelder, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)695669 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Serine protease SplB N3Q/S154R from Staphylococcus aureus
著者: Knyphausen, P. / Rangel Pereira, M.R. / Brear, P. / Jermutus, L. / Hollfelder, F.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6532
ポリマ－22,6301
非ポリマー231
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.920, 64.340, 73.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine protease


分子量: 22630.357 Da / 分子数: 1 / 断片: SPLB PROTEASE / 変異: N3Q/S154R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: splB / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2D1PJH6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.25 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350 30%, TRIS-Cl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→36.62 Å / Num. obs: 66249 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 11.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 336524
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.1-1.132.50.726999540640.5520.5330.9071.182.4
4.92-36.625.60.0548778780.9980.0220.05529.599.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VID

2vid


解像度: 1.1→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU R Cruickshank DPI: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.039 / SU Rfree Blow DPI: 0.039 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.038
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3296 4.99 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 66027 97.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 104.27 Å2 / Biso mean: 19.25 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3538 Å20 Å20 Å2
2---0.7668 Å20 Å2
3---0.413 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 1 197 1796
Biso mean--41.4 28.39 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d617SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1752HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion230SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2246SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1752HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2389HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.08
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 220 5.41 %
Rwork0.2299 3849 -
all0.2303 4069 -
obs--81.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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