PDB-3g78: Insight into group II intron catalysis from revised crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g78

タイトル

Insight into group II intron catalysis from revised crystal structure

要素

Group II intron
Ligated EXON product

キーワード

RNA / revised crystal structure / revision

機能・相同性

: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wang, J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for exon recognition by a group II intron.
著者: Toor, N. / Rajashankar, K. / Keating, K.S. / Pyle, A.M.

履歴

登録	2009年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Other
改定 1.3	2011年10月5日	Group: Other
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 0

THIS ENTRY 3G78 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA DETERMINED BY ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3g78.ent.gz	187.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3g78_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g78_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	3g78_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	3g78_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g78	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bwp 3eoh
類似構造データ	4far-d 4fau-d 4faq-d 4e8r-d 4e8v-d 4e8n-d 3igi-d 4ds6-d 6t3n-d 4e8q-d 4fax-d 4faw-d 3eog-d 3eoh-d 4fb0-d 4e8k-d 6t3k-d 4e8t-d 6t3r-d 6t3s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#121 - 2010年1月
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
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類似性 (2)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Group II intron

Z: Ligated EXON product

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.109, 94.970, 225.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	Group II intron 分子量: 133652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: RNA was pepared by in vitro transcription by T7 RNA polymerase 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#2: RNA鎖	Ligated EXON product 分子量: 2772.615 Da / 分子数: 1 / Fragment: unknown exon product / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	... ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.9 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM THE PDB ENTRY 3BWP.

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 47850 / Num. obs: 47323 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0.75 / Observed criterion σ(I): 0.37 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.71
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 4323 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.4.0077	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.8→39.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 30.309 / SU ML: 0.245 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22661	2346	5 %	RANDOM
R_work	0.19443	-	-	-
obs	0.19605	44197	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.295 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	8545	77	435	9057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	9574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	3	14933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.591	3	9574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.022	4.5	14933
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.804→2.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.697	136	-
R_work	0.627	2424	-
obs	-	-	73.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3308	1.9523	3.2723	14.6901	4.904	3.2619	-0.1334	-0.5169	-0.2816	0.9406	0.1468	0.4749	0.3624	-0.3367	-0.0133	0.5719	0.0033	-0.0878	0.4135	0.011	0.3162	25.191	68.127	141.248
2	0.7253	-1.2291	0.8863	3.5298	-2.499	2.1987	0.0032	0.4317	0.3263	0.0205	-0.6277	-1.3163	-0.0537	0.7732	0.6245	0.5585	-0.0055	-0.0122	0.452	0.2523	0.8494	38.237	87.15	122.887
3	5.6571	0.9798	0.1456	0.4331	0.3372	0.3732	-0.3964	0.6638	-0.0543	-0.2804	0.2918	-0.1726	-0.188	0.1816	0.1047	0.6255	-0.1164	-0.0439	0.2573	0.1055	0.5084	9.275	108.021	106.489
4	2.8572	0.5809	2.0736	3.0253	2.2383	5.8417	-0.1996	-0.8885	0.0176	0.3338	-0.2029	0.8495	0.6215	-2.1752	0.4026	0.5688	-0.1127	0.0869	0.8175	0.0224	0.5987	-21.258	99.435	117.708
5	0.5854	-0.9824	0.3629	5.3659	-1.809	1.5712	0.1434	0.0254	0.0401	-0.4963	-0.0788	0.0888	0.2966	0.2102	-0.0647	0.5673	0.0804	-0.0608	0.0619	-0.0216	0.4376	19.208	81.476	121.103
6	4.8442	-4.418	1.1014	6.8266	-1.5964	2.6471	-0.0488	0.0168	-0.2763	0.4539	-0.124	0.898	0.1403	-0.1567	0.1729	0.6276	0.1348	-0.0309	0.0726	-0.0153	0.5157	26.232	48.516	131.601
7	1.2914	0.7069	1.3595	2.1395	-1.5834	4.5227	-0.1429	-0.296	0.4369	0.5963	0.0871	-0.427	-0.8716	0.2316	0.0559	0.8309	0.0286	-0.101	0.298	-0.0688	0.4931	16.177	109.02	132.505
8	1.7743	-2.6449	-1.4209	4.3269	0.7986	5.6706	-0.227	-0.7235	0.7937	1.5282	0.2699	-0.1608	-0.283	-0.3259	-0.0428	1.4677	0.2761	-0.2747	0.4536	-0.2941	0.3129	19.206	93.499	162.398
9	2.3669	0.3124	1.7417	3.0082	-2.0684	3.0619	-0.432	-0.8876	0.7272	1.1033	0.3562	-0.0288	-1.2553	-1.0694	0.0758	1.5267	0.4619	0.0852	0.4718	-0.1716	0.3033	8.326	102.249	158.379
10	3.8535	-1.3444	0.8807	2.4672	-2.3877	10.3822	-0.8675	-1.1634	-0.179	1.1852	1.1182	0.6641	-1.7716	-2.0029	-0.2507	0.9569	0.3719	0.2595	0.9456	0.1066	0.2385	-13.383	98.198	149.477
11	2.1867	-0.678	2.5983	0.9569	-1.8387	6.5075	-0.2096	-0.5204	-0.1141	0.452	0.2974	0.2005	-0.3404	-0.3518	-0.0879	0.5828	0.181	0.0398	0.3068	0.0274	0.403	-2.2	101.72	129.425
12	6.2681	-4.7486	0.8765	6.8892	0.7772	1.7841	-0.1688	-1.0885	-1.2496	0.9536	0.7232	1.4688	0.5186	-0.9991	-0.5544	0.7732	0.0359	0.0147	0.5655	0.2773	0.5649	4.264	80.661	143.111
13	1.242	-2.2518	-0.2085	5.4629	1.2381	0.7404	-0.1637	-0.5371	0.2055	0.573	-0.1029	-0.1663	0.2447	0.0829	0.2665	0.8101	0.1003	-0.2151	0.3032	0.0914	0.4875	40.505	52.48	147.992
14	10.8298	1.6995	-3.9921	8.5137	-2.9378	7.8806	-0.1289	0.0166	0.8946	-0.8056	0.0152	-2.2696	0.0762	2.1668	0.1137	0.4308	-0.0165	-0.2698	1.0106	0.1759	1.5184	65.021	77.176	137.576
15	0.1715	-0.4873	-0.3639	1.442	1.5053	4.6679	0.0129	-0.3703	0.189	0.7845	-0.0367	-0.4325	0.1007	0.6591	0.0239	0.9241	0.0284	-0.3901	0.5378	-0.0673	0.6533	41.686	70.397	161.455
16	10.6862	-1.2378	3.3846	6.0649	3.9294	4.2258	0.1446	-0.5977	-0.4047	-0.0089	0.2522	0.5231	1.2531	-0.7091	-0.3969	0.9556	-0.1349	-0.2053	0.6793	-0.214	0.3668	31.117	80.357	188.499
17	17.5821	-0.8706	-6.7591	12.6674	-2.4977	3.2339	-0.0806	-1.1548	0.9996	0.3224	1.0047	1.6671	0.3342	-0.232	-0.9241	0.7461	-0.056	-0.0465	1.0198	-0.1714	0.5663	20.991	89.307	199.361
18	1.894	-0.9809	1.5906	3.5881	-0.176	5.5875	-0.1046	-0.2215	0.1576	0.6823	0.2077	-0.3985	-0.2654	0.0047	-0.1031	0.7229	0.0679	-0.2154	0.2772	-0.1068	0.3559	23.861	82.64	149.774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	247 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	198 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 78
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	104 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	122 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	7	A	230 - 246
13	X-RAY DIFFRACTION	8	A	134 - 144
14	X-RAY DIFFRACTION	9	A	145 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	9	A	224 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	10	A	151 - 168
17	X-RAY DIFFRACTION	10	A	209 - 223
18	X-RAY DIFFRACTION	11	A	169 - 178
19	X-RAY DIFFRACTION	11	A	187 - 197
20	X-RAY DIFFRACTION	12	A	179 - 186
21	X-RAY DIFFRACTION	12	A	413 - 414
22	X-RAY DIFFRACTION	12	Z	10 - 12
23	X-RAY DIFFRACTION	13	A	267 - 289
24	X-RAY DIFFRACTION	14	A	304 - 317
25	X-RAY DIFFRACTION	15	A	290 - 303
26	X-RAY DIFFRACTION	15	A	318 - 331
27	X-RAY DIFFRACTION	15	A	351 - 354
28	X-RAY DIFFRACTION	16	A	332 - 336
29	X-RAY DIFFRACTION	16	A	345 - 350
30	X-RAY DIFFRACTION	17	A	337 - 344
31	X-RAY DIFFRACTION	18	A	355 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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