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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g77 | ||||||
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タイトル | Bacterial cytosine deaminase V152A/F316C/D317G mutant | ||||||
![]() | Cytosine deaminase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stoddard, B. / Zhao, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bacterial cytosine deaminase mutants created by molecular engineering show improved 5-fluorocytosine-mediated cell killing in vitro and in vivo. 著者: Fuchita, M. / Ardiani, A. / Zhao, L. / Serve, K. / Stoddard, B.L. / Black, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 47068.191 Da / 分子数: 1 / 変異: V152A, F316C, D317G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 8000, 100 mM magnesium chloride, 10 mM 4-HYDROXY-3,4-DIHYDRO-1H-PYRIMIDIN-2-ONE , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→87.71 Å / Num. obs: 50592 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.01 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 0.93 / Scaling rejects: 1535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→37.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU B: 1.621 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 37.05 Å2 / Biso mean: 11.469 Å2 / Biso min: 2.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.13 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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