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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g6n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an EfPDF complex with Met-Ala-Ser | ||||||
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![]() | HYDROLASE / PDF / peptide deformylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, K.Y. / Nam, K.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an EfPDF complex with Met-Ala-Ser based on crystallographic packing. 著者: Nam, K.H. / Kim, K.H. / Kim, E.E. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3cmdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21251.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pet28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 307.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This is tripeptide. The author purchased from sigam company #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS DESCRIBE FOR THE TRIPEPTIDE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.58 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Na-malonate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 30468 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3CMD 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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