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- PDB-3g5k: Structure and activity of human mitochondrial peptide deformylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5k
タイトルStructure and activity of human mitochondrial peptide deformylase, a novel cancer target
要素Peptide deformylase, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / PEPTIDE DEFORMYLASE / ACTINONIN / Iron / Metal-binding / Mitochondrion / Protein biosynthesis / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-methionine modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / : / post-translational protein modification / translation / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACTINONIN / : / Peptide deformylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Escobar-Alvarez, S. / Goldgur, Y. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Li, Y. / Scheinberg, D.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and activity of human mitochondrial peptide deformylase, a novel cancer target
著者: Escobar-Alvarez, S. / Goldgur, Y. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Li, Y. / Scheinberg, D.A.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase, mitochondrial
B: Peptide deformylase, mitochondrial
C: Peptide deformylase, mitochondrial
D: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,39012
ポリマ－82,6124
非ポリマー1,7788
水9,962553
1
A: Peptide deformylase, mitochondrial
B: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Peptide deformylase, mitochondrial
D: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,39012
ポリマ－82,6124
非ポリマー1,7788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area14460 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area31270 Å2
手法PISA
2
A: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1956
ポリマ－41,3062
非ポリマー8894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
3
B: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子

D: Peptide deformylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1956
ポリマ－41,3062
非ポリマー8894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.144, 77.830, 110.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Peptide deformylase, mitochondrial / Polypeptide deformylase


分子量: 20653.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDF, PDF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HBH1, peptide deformylase
#2: 化合物
ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン


分子量: 385.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N3O5 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC, 0.1 M SODIUM CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 100609 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZXZ

1zxz


解像度: 1.7→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.943 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19347 5160 5 %RANDOM
Rwork0.16356 ---
obs0.16504 98055 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 0 112 553 6445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0226016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4721.9828156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.915728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03122.394284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79115996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0831576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2740.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0214644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6931.53668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.98425940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.52932348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4654.52216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 366 -
Rwork0.223 6847 -
obs--94.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00930.0180.04720.4008-0.18630.4978-0.01640.00330.0006-0.0411-0.01160.0033-0.0610.04160.02810.097-0.0213-0.0170.01280.01010.024631.27314.4358.006
20.20650.21240.02870.3156-0.15190.35690.0016-0.03190.002-0.0184-0.0012-0.00920.0548-0.0706-0.00040.0775-0.0411-0.00980.032-0.00230.030519.655-14.625.349
30.63-0.14640.13840.06050.03530.2227-0.0244-0.0427-0.0326-0.0136-0.0210.0244-0.0365-0.06670.04540.05270.036-0.01610.0498-0.01720.03656.088-33.43-27.081
40.18920.1168-0.10080.09530.05020.7382-0.01820.0082-0.0236-0.03040.0221-0.0079-0.07650.0927-0.00390.07780.0008-0.00810.04310.00360.021236.997-30.564-44.516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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