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- PDB-3g5i: Crystal Structure of the E.coli RihA pyrimidine nucleosidase boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5i
タイトルCrystal Structure of the E.coli RihA pyrimidine nucleosidase bound to a iminoribitol-based inhibitor
要素Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA
キーワードHYDROLASE / Open (alpha / beta) structure / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding ...ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-DNB / Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Garau, G. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Degano, M.
引用
ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Active site plasticity revealed from the structure of the enterobacterial N-ribohydrolase RihA bound to a competitive inhibitor.
著者: Garau, G. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Degano, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: New insights into the mechanism of nucleoside hydrolases from the crystal structure of the Escherichia coli YbeK protein bound to the reaction product
著者: Muzzolini, L. / Versees, W. / Tornaghi, P. / Van Holsbeke, E. / Steyaert, J. / Degano, M.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure to 1.7 a of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy
著者: Giabbai, B. / Degano, M.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA
B: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA
C: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA
D: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,66213
ポリマ－135,4674
非ポリマー1,1969
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area40960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.350, 82.910, 93.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 56
2111B2 - 56
3111C2 - 56
4111D2 - 56
1211A86 - 218
2211B86 - 218
3211C86 - 218
4211D86 - 218
1311A232 - 302
2311B232 - 302
3311C232 - 302
4311D232 - 302
1411A306 - 312
2411B306 - 312
3411C306 - 312
4411D306 - 312
1511A58 - 75
2511B58 - 75
3511C58 - 75
4511D58 - 75

-
要素

#1: タンパク質
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA / RihA/YbeK pyrimidine nucleoside hydrolase / Cytidine/uridine-specific hydrolase


分子量: 33866.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ybeK / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41409, ribosylpyrimidine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-DNB / (2S,3S,4R,5R)-2-(3,4-diaminophenyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol / Diaminophenyl iminoribitol


分子量: 239.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 25% PEG 4000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 68457 / Num. obs: 68457 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 8.12
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4942 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YOE

1yoe


解像度: 2.1→37.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.733 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24093 3455 5 %RANDOM
Rwork0.20285 ---
all0.20477 65238 --
obs0.20477 65238 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å2-1.3 Å2
2--3.48 Å20 Å2
3----2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9119 0 71 510 9700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.98412853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45951193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09224.758372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.378151503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8861544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.24589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.26565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0260.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8461.56148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29629705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14133693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.284.53145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2126 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.070.05
2Btight positional0.080.05
3Ctight positional0.070.05
4Dtight positional0.060.05
1Atight thermal0.210.5
2Btight thermal0.190.5
3Ctight thermal0.190.5
4Dtight thermal0.180.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 265 -
Rwork0.254 4760 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3028-0.06040.62770.692-0.49791.64580.08290.149-0.04130.01540.04110.0237-0.0131-0.0905-0.1241-0.09460.0170.0051-0.165-0.0118-0.077141.38030.442329.4039
21.60690.1688-0.6170.7934-0.30121.35810.1574-0.3708-0.01860.1857-0.0830.08030.06630.0641-0.07440.002-0.1370.0212-0.01820.0226-0.074241.1154-9.228668.3182
31.6923-0.0676-0.20380.83930.16911.92060.12080.2925-0.1811-0.1320.0325-0.10670.20410.1797-0.1533-0.04390.03930.005-0.0942-0.0672-0.027583.7775-7.929329.2437
41.77050.07990.58940.53210.50131.93570.158-0.364-0.10240.0410.0579-0.10270.0534-0.02-0.2159-0.0633-0.0819-0.0437-0.0610.0195-0.056483.54170.230668.7928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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