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- PDB-3g5i: Crystal Structure of the E.coli RihA pyrimidine nucleosidase boun... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g5i | ||||||
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Title | Crystal Structure of the E.coli RihA pyrimidine nucleosidase bound to a iminoribitol-based inhibitor | ||||||
![]() | Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihA | ||||||
![]() | HYDROLASE / Open (alpha / beta) structure / Glycosidase | ||||||
Function / homology | ![]() ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / Hydrolases; Glycosylases / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding ...ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / Hydrolases; Glycosylases / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garau, G. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Degano, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Active site plasticity revealed from the structure of the enterobacterial N-ribohydrolase RihA bound to a competitive inhibitor. Authors: Garau, G. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Degano, M. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2006 Title: New insights into the mechanism of nucleoside hydrolases from the crystal structure of the Escherichia coli YbeK protein bound to the reaction product Authors: Muzzolini, L. / Versees, W. / Tornaghi, P. / Van Holsbeke, E. / Steyaert, J. / Degano, M. #2: ![]() Title: Crystal structure to 1.7 a of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy Authors: Giabbai, B. / Degano, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 199.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 515.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1yoeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 33866.707 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-BME / | #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-DNB / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1M Sodium Acetate, 25% PEG 4000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→100 Å / Num. all: 68457 / Num. obs: 68457 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 8.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4942 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 95.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YOE Resolution: 2.1→37.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.733 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.2 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.861 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→37.5 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2126 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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