PDB-3g4c: Flavine dependant thymidylate syntahse S88C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g4c

タイトル

Flavine dependant thymidylate syntahse S88C mutant

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / FTDS / thyx / S88C mutation / dUMP complex / FAD / Flavoprotein / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: An unusual mechanism of thymidylate biosynthesis in organisms containing the thyX gene.
著者: Koehn, E.M. / Fleischmann, T. / Conrad, J.A. / Palfey, B.A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2009年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g4c.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g4c.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g4aC 1o26S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g4a-d 5iot-d 4kat-d 1ajc-d 5ios-d 1ajb-d 5ior-1 4gte-d 1ura-d 4gtl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282322JCSG target. This structure is a collaborative project with JCSG.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.897, 116.495, 140.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 220
2	1	1	5	B	1 - 220
3	1	1	5	C	1 - 220
4	1	1	5	D	1 - 220

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27519.746 Da / 分子数: 4 / 変異: S88C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: thy1, thyX, TM_0449 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40% PEG 200, 0.1M Tris-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.22 Å / Num. all: 56600 / Num. obs: 56600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4137 / R_sym value: 0.63 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	- rigid body	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	- rigid body	位相決定

精密化

構造決定の手法: Difference fourier
開始モデル: Native structure with dUMP (PDB code: 1O26)

1o26

解像度: 2.05→46.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.218 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25358	2843	5 %	RANDOM
R_work	0.19983	-	-	-
obs	0.20248	53694	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6950	0	292	167	7409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	7457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.995	10151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	12225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.228	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.375	22.41	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.801	15	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.867	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.1	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.745	1.5	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.202	1.5	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.171	2	6863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.689	3	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.519	4.5	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1219	medium positional	0.17	0.5
2	B	1219	medium positional	0.16	0.5
3	C	1219	medium positional	0.19	0.5
4	D	1219	medium positional	0.15	0.5
1	A	1618	loose positional	0.66	5
2	B	1618	loose positional	0.53	5
3	C	1618	loose positional	0.6	5
4	D	1618	loose positional	0.57	5
1	A	1219	medium thermal	0.55	2
2	B	1219	medium thermal	0.61	2
3	C	1219	medium thermal	0.81	2
4	D	1219	medium thermal	0.56	2
1	A	1618	loose thermal	1.39	10
2	B	1618	loose thermal	1.28	10
3	C	1618	loose thermal	1.67	10
4	D	1618	loose thermal	1.31	10

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	206	-
R_work	0.254	3924	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7203	-0.0074	0.5499	0.8616	0.3341	2.8538	-0.0385	-0.0339	0.0728	-0.0215	-0.0076	0.0438	-0.2337	-0.1896	0.0462	0.006	-0.0006	-0.0011	-0.0956	0.0146	-0.0915	27.8949	60.5721	123.3347
2	1.1503	0.4403	0.2219	1.4703	0.4404	1.3384	0.0126	0.0828	0.0012	-0.2718	0.0159	-0.2183	-0.0357	0.1351	-0.0285	0.0201	-0.0053	0.0486	-0.0579	0.016	-0.069	43.5123	44.447	96.4836
3	0.364	-0.0968	-0.6184	1.5466	0.4569	2.1487	-0.0057	0.0395	-0.0831	-0.1453	0.0306	-0.0044	0.2939	-0.1102	-0.0249	-0.1871	-0.0125	-0.0201	-0.0551	-0.0072	0.0033	25.3691	28.2534	104.9882
4	0.4944	0.0502	-0.0845	1.014	0.8487	1.6592	-0.0298	-0.0649	-0.1035	0.307	0.0921	-0.1342	0.1139	0.1483	-0.0623	0.0168	0.0039	-0.0294	-0.059	0.0276	-0.0693	40.3158	40.6675	133.5045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 218

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