PDB-5ior: Flavin-dependent thymidylate synthase in complex with FAD and 2'-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ior

タイトル

Flavin-dependent thymidylate synthase in complex with FAD and 2'-deoxyuridine-5'-monosulfate

要素

Thymidylate synthase ThyX

キーワード

TRANSFERASE / FAD-dependent / nucleotide biosynthesis / reductive methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Stull, F.W. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE 1213620	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01DK042303	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM081544	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Deprotonations in the Reaction of Flavin-Dependent Thymidylate Synthase.
著者: Stull, F.W. / Bernard, S.M. / Sapra, A. / Smith, J.L. / Zuiderweg, E.R. / Palfey, B.A.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ior.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ior.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ior.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ior ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ior	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ioqC 5iosC 5iotC 4gt9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iot-d 4kat-d 5chp-1 1o2a-d 4gte-d 3g4a-d 5ios-d 1o2b-d 3g4c-d 2oek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.679, 109.679, 119.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Thymidylate synthase ThyX / TSase 分子量: 27503.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DUS / 2'-deoxy-5'-O-sulfouridine / 2'-deoxyuridine-5'-monosulfate 分子量: 308.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₈S
#4: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6 詳細: 7% PEG 4K, 100 mM NaCl, 100 mM Na/K phosphate, pH 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→80.92 Å / Num. obs: 27043 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 20.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GT9

4gt9

解像度: 1.95→80.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.761 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19148	1270	4.7 %	RANDOM
R_work	0.16204	-	-	-
obs	0.16341	25671	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→80.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	100	98	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.994	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.786	3	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.017	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.313	22.396	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.055	15	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.241	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.12	2.205	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.12	2.205	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.742	3.293	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.741	3.293	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.747	2.53	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.734	2.53	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.844	3.718	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.041	21.758	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.986	21.607	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	92	-
R_work	0.234	1887	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2276	-0.9933	1.8969	5.7109	4.7909	6.1233	0.1549	-0.0251	-0.0511	-0.4159	-0.0623	-0.0688	-0.0048	0.0199	-0.0926	0.1819	0.0309	-0.0091	0.0496	0.0281	0.0223	7.6003	19.2588	-21.6735
2	2.5998	2.5735	0.2551	3.5876	0.9495	0.6196	-0.2231	0.3431	-0.1018	-0.344	0.2797	-0.1342	-0.0925	0.0535	-0.0566	0.085	-0.0148	-0.0021	0.1054	0.0084	0.0439	2.9882	12.1588	-18.6321
3	2.7133	-0.6574	1.3447	7.0278	1.2211	2.2409	0.029	0.2428	0.1946	-0.3814	-0.0469	0.4277	-0.0978	-0.1693	0.0179	0.0718	-0.01	-0.0221	0.1552	0.0363	0.1232	-18.5681	3.2794	-16.9654
4	1.1295	0.5198	0.0169	0.7845	-0.0151	0.6217	-0.0059	0.021	0.1308	-0.0552	0.0104	-0.0143	-0.1262	0.0494	-0.0044	0.0491	0.0006	0.0091	0.0414	0.0114	0.0342	9.9213	16.2387	-8.142
5	4.357	-5.1672	-0.6995	6.4909	1.1222	0.9137	0.136	0.0537	0.3516	-0.3174	-0.0285	-0.3225	-0.2445	0.0327	-0.1075	0.1088	-0.0311	0.0153	0.0784	0.0101	0.1093	26.4918	27.7291	-4.6647
6	1.1005	0.3712	0.1389	0.4307	0.2321	0.3082	-0.0286	0.0262	0.0736	-0.0579	0.0203	0.0367	-0.0589	0.002	0.0083	0.0274	0.0031	0.0058	0.0147	0.0155	0.027	7.2138	16.5511	-7.2913
7	3.0132	0.3916	0.0973	4.0238	2.6353	6.0195	-0.0501	0.0898	0.3165	-0.2677	0.0038	0.2062	-0.3368	-0.042	0.0463	0.069	0.0083	-0.0438	0.0624	0.059	0.1132	-9.7	17.3754	-14.7031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	192 - 218

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