PDB-3g48: Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g48

タイトル

Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames

要素

Chaperone CsaA

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / chaperone CsaA / CsaA /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID Structural Genomic Centers for Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of chaperone CsaA form Bacillus anthracis str. Ames
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g48.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g48.ent.gz	47.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g48	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nzhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2cwp-2 4wso-1 1pyb-2 4wso-2 2q4x-1 1pyb-1 3qu4-6 2wf8-d 7a87-d 3u26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01112

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Chaperone CsaA

B: Chaperone CsaA

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chaperone CsaA

ヘテロ分子

A: Chaperone CsaA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.359, 67.564, 74.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chaperone CsaA 分子量: 12250.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: csaA, BAS1917, BA_2064, GBAA2064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81RI2, UniProt: A0A6L8PP74*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ACCORDING TO THE AUTHORS THIS IS LIKELY A SEQUENCING OR CLONING ERROR. DENSITY STRONGLY SUGGEST ARG ...ACCORDING TO THE AUTHORS THIS IS LIKELY A SEQUENCING OR CLONING ERROR. DENSITY STRONGLY SUGGEST ARG AT THIS POSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% Peg 20000, 10 % glycerol, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 32637 / Num. obs: 32247 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1400 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2NZH

2nzh

解像度: 1.5→34.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.854 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20057	1628	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16564	-	-	-
all	0.169	32171	-	-
obs	0.16744	30543	98.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1653	0	21	256	1930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	1.995	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.832	25.455	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.825	15	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.494	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.093	1.5	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.344	1.5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.781	2	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.858	3	646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.593	4.5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	87	-
R_work	0.255	1913	-
obs	-	-	84.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7219	-3.3938	-3.2031	7.9324	1.8557	10.0913	-0.0107	0.0081	-0.0632	-0.108	0.0121	-0.0289	0.2035	0.062	-0.0013	0.0723	-0.0151	-0.0111	0.0382	0.0143	0.0347	3.172	13.5612	-6.4994
2	0.9482	0.4066	0.2518	3.8991	0.8914	0.8122	-0.0003	-0.0539	0.0595	0.1609	0.025	0.1384	0.0546	-0.0538	-0.0247	0.0712	0.0058	-0.0031	0.0573	-0.0023	0.0293	3.5318	33.2036	3.6137
3	4.3554	-3.4184	-0.3361	2.8017	0.6316	1.2359	-0.0249	0.0471	0.2605	0.0085	0.057	-0.2346	-0.0938	0.2357	-0.0322	0.0727	-0.0065	-0.0233	0.1362	-0.0284	0.1226	20.3061	41.7996	2.7607
4	2.0606	0.107	0.3639	0.3965	-0.0457	0.9343	-0.0376	0.0519	0.0725	0.059	0.0549	-0.0317	0.0596	-0.0227	-0.0174	0.0732	0.0183	-0.0071	0.0413	-0.0218	0.0536	11.6128	37.444	4.67
5	1.2229	0.0884	-0.2041	0.7295	-0.2704	1.4905	-0.062	0.0132	0.0758	-0.0018	0.0051	-0.0949	0.0204	0.0209	0.0569	0.0802	0.004	-0.0174	0.0645	-0.0177	0.059	11.1789	38.6711	0.5152
6	10.7344	4.0707	3.1024	4.0201	2.0276	9.678	-0.2313	0.6076	0.7093	-0.3328	0.1901	0.2131	-0.5949	0.2594	0.0413	0.1089	-0.0089	-0.0275	0.0618	0.0361	0.0909	5.7194	46.4417	-1.1075
7	2.0232	-1.431	0.8647	3.3774	-1.0329	1.1821	0.0236	-0.0652	0.0395	0.0821	-0.022	-0.282	0.1018	0.0259	-0.0016	0.0732	0.0116	-0.02	0.0615	-0.0074	0.0668	7.7528	27.8806	2.9171
8	1.7034	0.4379	1.4519	0.7021	-0.9816	5.3114	0.0665	-0.0009	-0.1334	0.0054	-0.0063	-0.1138	0.1208	0.1384	-0.0602	0.0706	0.0294	-0.0015	0.0625	-0.0116	0.0809	15.183	30.9714	5.8967
9	6.458	-0.718	-0.8254	0.5496	-0.1033	1.8241	0.0422	0.1719	0.1421	-0.0473	-0.015	-0.0582	-0.0318	0.0854	-0.0272	0.0578	-0.0032	0.0017	0.0469	-0.0052	0.0562	6.8085	35.8674	-9.504
10	1.4101	0.328	-0.3002	4.1948	1.8195	7.5068	-0.0139	-0.0257	0.0713	0.128	0.0559	0.0833	0.345	-0.1415	-0.0419	0.0336	-0.0075	0.0003	0.0786	0.0123	0.0412	-4.67	30.0338	0.9162
11	5.787	0.7444	3.5147	7.16	3.0152	13.3759	-0.0168	-0.3234	0.0686	0.3048	0.1409	-0.0253	-0.2907	-0.2793	-0.1241	0.1028	0.0274	0.0268	0.0841	0.0099	0.082	9.081	49.3954	38.0617
12	1.2522	-0.2523	-0.483	2.1864	0.8584	2.1363	-0.012	0.0929	-0.1506	-0.0187	-0.1029	0.0829	-0.0954	0.0569	0.1149	0.0553	-0.0007	-0.0183	0.0729	0.005	0.0319	19.0397	42.3774	20.5787
13	4.1727	-0.1935	2.2991	1.2749	0.4689	3.1287	-0.0581	0.323	0.0833	0.0166	0.019	-0.1826	-0.1938	0.4074	0.0391	0.0814	-0.0274	-0.0071	0.1066	0.0144	0.0731	27.3324	43.4208	16.6866
14	6.4321	3.1082	2.4513	3.402	0.6129	3.7434	-0.1347	0.041	0.4343	-0.225	-0.04	0.1531	-0.0813	0.0167	0.1747	0.0888	0.0219	-0.0135	0.0457	-0.005	0.0579	18.4857	45.6678	15.0137
15	3.3946	-1.2145	-1.0141	0.4675	0.0009	6.6491	-0.0998	0.0866	0.0455	0.046	-0.0668	-0.0534	-0.1057	0.3634	0.1665	0.0475	-0.003	-0.0109	0.1205	0.0074	0.0763	33.2422	37.9197	24.8814
16	0.9261	-1.0174	-0.5287	2.5035	1.1331	2.0894	0.0445	-0.0049	0.0885	0.0385	0.0154	-0.1823	-0.0015	0.1692	-0.0599	0.0454	-0.0086	-0.0072	0.0713	-0.0077	0.0614	21.8124	41.4501	21.0057
17	10.278	2.2946	-0.3846	7.3067	3.0946	5.4758	0.2509	-0.1195	0.6855	-0.0156	0.0693	-0.3221	-0.4712	0.2892	-0.3201	0.1203	-0.0492	0.019	0.0444	0.0166	0.1311	27.4021	52.7425	17.9016
18	2.4883	0.5011	2.2082	0.9621	-1.3994	5.9343	0.0816	-0.121	0.0489	0.1063	-0.0303	0.0502	-0.1382	-0.0281	-0.0513	0.0892	-0.0085	-0.0089	0.1177	-0.0306	0.063	25.826	41.9295	30.4623
19	6.9319	3.1101	3.6682	2.9055	2.0288	3.6993	0.0861	-0.0443	-0.2705	-0.0101	-0.0219	-0.042	0.0511	0.0563	-0.0643	0.05	0.0043	-0.0025	0.0364	-0.0063	0.0477	22.3191	33.6826	27.4022
20	0.8394	-0.7404	-0.3447	3.0541	0.1469	8.2223	0.021	-0.0354	-0.0674	0.1014	-0.0499	0.0658	-0.2477	-0.2027	0.0289	0.0439	-0.0108	-0.0088	0.0728	-0.0056	0.0574	10.3445	37.6501	21.8711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	27 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	40 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	56 - 61
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	62 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	73 - 84
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	85 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	102 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	0 - 7
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	8 - 22
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	23 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	39 - 46
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	47 - 55
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	56 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	72 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	81 - 89
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	90 - 101
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	102 - 109

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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