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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g31 | ||||||
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タイトル | CTX-M-9 class A beta-lactamase complexed with compound 4 (GF1) | ||||||
要素 | Beta-lactamase CTX-M-9a | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CTX-M / beta-lactamase / molecular docking / fragment / inhibitor / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Molecular docking and ligand specificity in fragment-based inhibitor discovery 著者: Chen, Y. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3g31.cif.gz | 120.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3g31.ent.gz | 93 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3g31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3g31_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3g31_full_validation.pdf.gz | 482.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3g31_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3g31_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g31 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27972.494 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 29-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M-9, blaCTX-M-9a, CTX-M / プラスミド: PET-9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L5C8, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-GF1 / ( #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / pH: 8.7 詳細: Potassium Phosphate, pH 8.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 48267 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.817 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YLJ 解像度: 1.7→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.139 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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