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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g1v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mutant D70G of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate | ||||||
![]() | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / D70G / 5-fluorouridine 5'-monophosphate / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. 著者: Chan, K.K. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1022.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3g18SC ![]() 3g1aC ![]() 3g1dC ![]() 3g1fC ![]() 3g1hC ![]() 3g1sC ![]() 3g1xC ![]() 3g1yC ![]() 3g22C ![]() 3g24C ![]() 3gdkC ![]() 3gdlC ![]() 3gdrC ![]() 3gdtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24826.662 Da / 分子数: 2 / 変異: D70G,R101P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.3M magnesium formate, 0.1M bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→25 Å / Num. all: 90642 / Num. obs: 90642 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3G18 解像度: 1.3→24.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1502176.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.7366 Å2 / ksol: 0.394055 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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