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万見
- PDB-3w07: Atomic resolution structure of orotidine 5'-monophosphate decarbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w07
タイトルAtomic resolution structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanothermobacter thermoautotrophicus bound with UMP.
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Pai, E.F. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Atomic resolution structure of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase product complex combined with surface plasmon resonance analysis: implications for the catalytic mechanism.
著者: Fujihashi, M. / Mito, K. / Pai, E.F. / Miki, K.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7963
ポリマ－27,3791
非ポリマー4162
水3,027168
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5916
ポリマ－54,7592
非ポリマー8334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area5100 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.943, 103.233, 73.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase / ODCASE


分子量: 27379.402 Da / 分子数: 1 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. ...ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. DEPOSITORS SEQUENCED THE GENOME FROM M. THERMOAUTOTROPHICUM AND CONFIRMED IT IS PRO.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.28M sodium citrate, 5%(v/v) dioxane, 0.1M HEPES-Na pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月24日
放射モノクロメーター: default / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→50 Å / Num. obs: 108363 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 46.3
反射 シェル解像度: 1.03→1.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.03→10 Å / Num. parameters: 19192 / Num. restraintsaints: 28126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1386 --RANDOM
Rwork0.1177 ---
all-108363 --
obs-102765 93.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 72 / Occupancy sum hydrogen: 688 / Occupancy sum non hydrogen: 1777.15
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 27 168 1807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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