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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w07 | ||||||
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タイトル | Atomic resolution structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanothermobacter thermoautotrophicus bound with UMP. | ||||||
![]() | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujihashi, M. / Pai, E.F. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic resolution structure of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase product complex combined with surface plasmon resonance analysis: implications for the catalytic mechanism. 著者: Fujihashi, M. / Mito, K. / Pai, E.F. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 734.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 738.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27379.402 Da / 分子数: 1 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-U5P / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. ...ACCORDING TO DEPOSITORS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.28M sodium citrate, 5%(v/v) dioxane, 0.1M HEPES-Na pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月24日 |
放射 | モノクロメーター: default / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.03→50 Å / Num. obs: 108363 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 46.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.03→1.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Num. disordered residues: 72 / Occupancy sum hydrogen: 688 / Occupancy sum non hydrogen: 1777.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.03→10 Å
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拘束条件 |
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