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万見
- PDB-3g1e: X-ray crystal structure of coil 1A of human vimentin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g1e
タイトルX-ray crystal structure of coil 1A of human vimentin
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / dimeric parallel coiled coil / Acetylation / Coiled coil / Host-virus interaction / Intermediate filament / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / microtubule organizing center / intermediate filament cytoskeleton ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / microtubule organizing center / intermediate filament cytoskeleton / intermediate filament / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / neuron projection development / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / peroxisome / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Intermediate filament head, DNA-binding domain / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Meier, M. / Padilla, G.P. / Herrmann, H. / Wedig, T. / Hergt, M. / Patel, T.R. / Stetefeld, J. / Aebi, U. / Burkhard, P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Vimentin coil 1A-A molecular switch involved in the initiation of filament elongation.
著者: Meier, M. / Padilla, G.P. / Herrmann, H. / Wedig, T. / Hergt, M. / Patel, T.R. / Stetefeld, J. / Aebi, U. / Burkhard, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Near-UV Circular Dichroism Reveals Structural Transitions of Vimentin Subunits during Intermediate Filament Assembly
著者: Georgakopoulou, S. / Moeller, D. / Sachs, N. / Herrmann, H. / Aebi, U.
履歴
登録2009年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9682
ポリマ－8,9682
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.496, 35.496, 108.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Vimentin


分子量: 4484.115 Da / 分子数: 2 / 断片: coil 1A / 変異: Y117L / 由来タイプ: 合成
詳細: residue 102 to 138 from human vimentin chemically synthesized with an N-terminal acetyl and a C-terminal amidyl tag
参照: UniProt: P08670
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.1 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: 20 % PEG, 33 % isopropanol, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6, vapour diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月10日 / 詳細: MULTI-LAYER OPTICS
放射モノクロメーター: ASK OXFORD DIFFRACTION / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→11.65 Å / Num. obs: 6364 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 43.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å11.63 Å
Translation2.5 Å11.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrysalisProPRO (OXFORD DIFFRACTION)データ削減
REFMAC5.2.0019/CNS 1.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DIMERIC MODEL BUILT FROM PDB ENTRIES 1GK7 AND 1D7M

1gk7

1d7m


解像度: 1.83→11.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3
Isotropic thermal model: restrained individual B-factor refinement
交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 437 7.1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all-6136 --
obs-6136 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 74.0181 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.37 Å20 Å20 Å2
2--3.37 Å20 Å2
3----6.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→11.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数663 0 0 24 687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.712.5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.057
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 35 6.6 %
Rwork0.322 493 -
obs--66.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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