PDB-3g0j: Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g0j

タイトル

Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)

要素

Protein polybromo-1

キーワード

TRANSCRIPTION / PB1 / polybromo 1 isoform 1 / BAF180 / Polybromo-1D / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of G0 to G1 transition / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
著者: Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.

履歴

登録	2009年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g0j.cif.gz	68.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g0j.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g0j_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g0j_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	3g0j_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	3g0j_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2grcS 2nxbS 2oo1S 2ossS 2ouoS 3d7cS 3daiS 3dwyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e7d-1 4q0n-2 5fh8-1 5fh8-2 5dkh-3 5ii1-2 4q0n-8 5fh6-1 3fvi-4 3fvi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (5)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein polybromo-1

B: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.570, 57.370, 137.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ARG	ARG	A	A	623 - 654	13 - 44
2	1	MET	MET	ARG	ARG	B	B	623 - 654	13 - 44
1	2	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	673 - 700	63 - 90
2	2	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	673 - 700	63 - 90
1	3	SER	SER	LEU	LEU	A	A	711 - 731	101 - 121
2	3	SER	SER	LEU	LEU	B	B	711 - 731	101 - 121

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Protein polybromo-1 / hPB1 / Polybromo-1D / BRG1-associated factor 180 / BAF180 分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 645-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Na_nitrate, 25% w/v PEG 3350, 5% v/v ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→30.831 Å / Num. all: 28619 / Num. obs: 28304 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4085 / R_sym value: 0.703 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 44.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.46 Å
Translation	2.5 Å	29.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.2	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ensemble of 3DWY, 3DAI, 3D7C, 2OUO, 2OSS, 2OO1, 2NXB, 2GRC

解像度: 1.78→29.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.211 / WR_factor R_work: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 6.317 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / SU R_free: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1428	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.193	-	-	-
obs	0.193	28246	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.02 Å² / B_iso mean: 15.392 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→29.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1870	0	20	263	2153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.991	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.187	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.468	23.626	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.478	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.52	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.808	3	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.266	3	445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.557	5	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.21	8	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.667	11	725

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	462	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
1	462	MEDIUM THERMAL	1.29	2
2	393	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
2	393	MEDIUM THERMAL	1.33	2
3	269	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
3	269	MEDIUM THERMAL	1.22	2

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.456	85	-
R_work	0.4	2018	-
all	-	2103	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5982	1.7139	-0.7926	3.3303	-0.3457	0.1423	-0.1172	-0.1985	0.2243	0.0853	0.1391	0.6795	0.0616	-0.002	-0.0219	0.5183	-0.0475	0.1339	0.5293	0.0747	0.5011	-4.3	-18.0105	-10.037
2	2.1033	2.8864	-1.4555	9.6457	-4.4989	4.1096	0.1187	-0.3114	0.132	0.4935	-0.0504	0.027	-0.1728	0.0451	-0.0684	0.0695	-0.0115	-0.0022	0.0773	-0.0298	0.0135	10.4762	-14.1286	-6.881
3	2.3882	0.8261	1.8789	2.2299	1.4083	2.6049	0.0342	-0.0222	0.0841	0.0493	-0.0246	-0.0114	-0.0717	0.0323	-0.0096	0.0487	0.0001	0.0356	0.0517	0.0217	0.0481	6.2188	-6.7464	-25.5926
4	3.1375	1.7043	-2.3665	4.4954	-3.1203	5.314	0.0518	-0.0333	-0.0457	0.0967	-0.0521	-0.1171	0.0197	0.1138	0.0003	0.0056	0.0015	-0.0057	0.0031	-0.0016	0.0065	13.1566	-13.8406	-19.6787
5	1.7315	3.2195	2.1065	7.6115	5.142	3.9875	0.1169	-0.218	-0.0054	0.5149	-0.1611	0.1001	0.3734	-0.09	0.0442	0.1319	-0.021	0.0297	0.1033	0.0063	0.0203	3.5169	13.8639	-11.4481
6	6.7208	4.8137	-1.15	6.2361	-1.4592	2.6048	0.0931	0.0105	-0.1642	-0.0498	-0.1044	-0.0843	0.2313	0.0084	0.0113	0.0944	0.0097	-0.0106	0.0052	-0.0022	0.0088	5.9196	1.9681	-24.6156
7	2.2933	-0.1445	-1.2605	0.7215	0.5385	4.6648	-0.0405	-0.014	0.083	-0.0463	0.0163	-0.1133	-0.1286	0.1708	0.0242	0.0207	-0.0056	0.0095	0.0082	0.0061	0.0367	9.9754	15.7401	-26.2971
8	5.1918	-2.0489	-2.1448	5.9126	4.776	10.1996	0.0442	-0.1505	0.08	0.0633	-0.1381	0.3475	-0.1643	-0.37	0.0939	0.0191	-0.0088	-0.0015	0.0423	0.0081	0.0513	-3.2163	9.4817	-26.8291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	615 - 621
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	622 - 641
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	642 - 671
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	672 - 731
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	621 - 642
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	643 - 658
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	659 - 707
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	708 - 731

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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