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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g04 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TSH receptor in complex with a thyroid-stimulating autoantibody | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TSH RECEPTOR / GPCR / THYROID / GRAVES' DISEASE / AUTOIMMUNITY / RECEPTOR-AUTOANTIBODY COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / cellular response to glycoprotein / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling ...thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / cellular response to glycoprotein / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Sanders, P. / Baker, S. / Sullivan, A. / Bhardwaja, A. / Bolton, J. / Reeve, M. / Nakatake, N. / Evans, M. ...Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Sanders, P. / Baker, S. / Sullivan, A. / Bhardwaja, A. / Bolton, J. / Reeve, M. / Nakatake, N. / Evans, M. / Richards, T. / Powell, M. / Miguel, R.N. / Blundell, T.L. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the TSH receptor in complex with a thyroid-stimulating autoantibody 著者: Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Sanders, P. / Baker, S. / Sullivan, A. / Bhardwaja, A. / Bolton, J. / Reeve, M. / Nakatake, N. / Evans, M. / Richards, T. / Powell, M. / Miguel, R.N. / ...著者: Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Sanders, P. / Baker, S. / Sullivan, A. / Bhardwaja, A. / Bolton, J. / Reeve, M. / Nakatake, N. / Evans, M. / Richards, T. / Powell, M. / Miguel, R.N. / Blundell, T.L. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. #1: ジャーナル: Lancet / 年: 2003 タイトル: Human monoclonal thyroid stimulating autoantibody 著者: Sanders, J. / Evans, M. / Premawardhana, L.D.K.E. / Depraetere, H. / Jeffreys, J. / Richards, T. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. #2: ジャーナル: Thyroid / 年: 2004 タイトル: Characteristics of a human monoclonal autoantibody to the thyrotropin receptor: sequence structure and function 著者: Sanders, J. / Jeffreys, J. / Depraetere, H. / Evans, M. / Richards, T. / Kiddie, A. / Brereton, K. / Premawardhana, L.D.K.E. / Chirgadze, D.Y. / Miguel, R.N. / Blundell, T.L. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. #3: ジャーナル: Thyroid / 年: 2004 タイトル: Analysis of the thyrotropin receptor-thyrotropin interaction by comparative modeling 著者: Miguel, R.N. / Sanders, J. / Jeffreys, J. / Depraetere, H. / Evans, M. / Richards, T. / Blundell, T.L. / Rees Smith, B. / Furmaniak, J. #4: ![]() タイトル: Comparative Modelling of the Thyrotropin Receptor 著者: Miguel, R.N. / Sanders, J. / Blundell, T.L. / Smith, B.R. / Furmaniak, J. #5: ジャーナル: Thyroid / 年: 2006 タイトル: Effects of TSH receptor mutations on binding and biological activity of monoclonal antibodies and TSH 著者: Sanders, J. / Bolton, J. / Sanders, P. / Jeffreys, J. / Nakatake, N. / Richards, T. / Evans, M. / Kiddie, A. / Summerhayes, S. / Roberts, E. / Miguel, R.N. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. #6: ジャーナル: Thyroid / 年: 2007 タイトル: Molecular interactions between the TSH receptor and a Thyroid-stimulating monoclonal autoantibody 著者: Sanders, J. / Miguel, R.N. / Bolton, J. / Bhardwaja, A. / Sanders, P. / Nakatake, N. / Evans, M. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. #7: ジャーナル: J.Mol.Endocrinol. / 年: 2008 タイトル: FSH and TSH binding to their respective receptors: similarities, differences and implication for glycoprotein hormone specificity 著者: Miguel, R.N. / Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Furmaniak, J. / Rees Smith, B. #8: ![]() タイトル: Thyroid stimulating autoantibody M22 mimics TSH in its binding to the TSH receptor: a comparative structural study of protein-protein interactions 著者: Miguel, R.N. / Sanders, J. / Chirgadze, D.Y. / Furmaniak, J. / Smith, B.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xwdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: 抗体 | 分子量: 23043.408 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB fragment light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: mouse-human heterohybridoma cell line (その他) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24487.438 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB fragment heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: mouse-human heterohybridoma cell line (その他) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 C

#3: タンパク質 | 分子量: 26943.828 Da / 分子数: 1 / 断片: LEUCINE RICH REPEAT DOMAIN (SEGMENT 22-260) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 294分子 


#5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M MES, 0.25M ZINC ACETATE, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月6日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 26775 / Num. obs: 25731 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.61 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XWD 解像度: 2.55→26.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 17.888 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.665 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→26.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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