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Yorodumi- PDB-2q5r: Structure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2q5r | ||||||
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Title | Structure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase | ||||||
Components | Tagatose-6-phosphate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / D-tagatose-6-phosphate kinase / phosphoryl transfer / conformational change / kinase / lactose metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information tagatose-6-phosphate kinase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | McGrath, T.E. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Domagala, M. / Pai, E.F. / Edwards, A.M. / Battaile, K. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Structure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase Authors: McGrath, T.E. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Domagala, M. / Pai, E.F. / Edwards, A.M. / Battaile, K. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2q5r.cif.gz | 252.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2q5r.ent.gz | 203.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2q5r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2f02S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is the dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 36195.324 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: ColA / Gene: lacC / Plasmid: pET15b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5HE12, tagatose-6-phosphate kinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25% PEG3350, 0.2M sodium thiocyanate, frozen in paratone, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Feb 4, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→15 Å / Num. all: 146479 / Num. obs: 55270 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 5686 / Χ2: 0.963 / % possible all: 93.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2F02 Resolution: 2.3→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 15.622 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.301 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.88 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→14.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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