PDB-3fz0: Inosine-Guanosine Nucleoside Hydrolase (IG-NH)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fz0

タイトル

Inosine-Guanosine Nucleoside Hydrolase (IG-NH)

要素

Nucleoside hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / NH fold / open alpha/beta structure / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine salvage / inosine nucleosidase activity / inosine salvage / purine nucleosidase / glycosome / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Schramm, V.L. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure and mechanism of the 6-oxopurine nucleosidase from Trypanosoma brucei brucei
著者: Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M.

履歴

登録	2009年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fz0.cif.gz	267.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fz0.ent.gz	216.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q8fS 1kic 2mas 3b9x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t8i-d 3pl2-d 6rng-1 3t8j-1 9911 3lge-d 1mas-1 6j8q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside hydrolase, putative

B: Nucleoside hydrolase, putative

C: Nucleoside hydrolase, putative

D: Nucleoside hydrolase, putative

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.690, 116.040, 204.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	C
3	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	3 - 118	6 - 121
2	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	3 - 118	6 - 121
3	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	3 - 118	6 - 121
4	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	D	D	3 - 118	6 - 121
1	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	126 - 221	129 - 224
2	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	126 - 221	129 - 224
3	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	C	C	126 - 221	129 - 224
4	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	D	D	126 - 221	129 - 224
1	3	1	GLN	GLN	CYS	CYS	A	A	240 - 315	243 - 318
2	3	1	GLN	GLN	CYS	CYS	B	B	240 - 315	243 - 318
3	3	1	GLN	GLN	CYS	CYS	C	C	240 - 315	243 - 318
4	3	1	GLN	GLN	CYS	CYS	D	D	240 - 315	243 - 318
1	4	1	ASN	ASN	ALA	ALA	A	A	333 - 357	336 - 360
2	4	1	ASN	ASN	ALA	ALA	B	B	333 - 357	336 - 360
3	4	1	ASN	ASN	ALA	ALA	C	C	333 - 357	336 - 360
4	4	1	ASN	ASN	ALA	ALA	D	D	333 - 357	336 - 360
1	1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	119 - 125	122 - 128
2	1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	119 - 125	122 - 128
3	1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	D	D	119 - 125	122 - 128

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Nucleoside hydrolase, putative / Inosine-Guanosine-preferring Nucleoside Hydrolase 分子量: 39684.824 Da / 分子数: 4 / 変異: K97E, L226S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.7.4570 / プラスミド: pET28-ignh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q57X73, purine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 200mM ammonium sulfate, 22% PEG MME 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97565 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→85.13 Å / Num. obs: 51751 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.5 Å² / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 374972
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 7263 / R_sym value: 0.546 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q8F

1q8f

解像度: 2.5→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 19.805 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.619 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; These residues listed in remark 500: COVALENT BOND LENGTHS are close to a very flexible region that was not included in the model. Since ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22433	2620	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1892	-	-	-
obs	0.19102	48811	99.9 %	-
all	-	48811	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.673 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10272	0	60	186	10518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.955	14455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.343	5	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.428	24.746	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.505	15	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.712	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.364	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.56	1.5	6777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.949	2	10668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.547	3	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.458	4.5	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2216	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	2216	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	2216	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	2216	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	52	tight positional	0.12	0.05
2	2	C	52	tight positional	0.14	0.05
2	3	D	52	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	2216	tight thermal	0.12	0.5
1	2	B	2216	tight thermal	0.13	0.5
1	3	C	2216	tight thermal	0.12	0.5
1	4	D	2216	tight thermal	0.11	0.5
2	1	A	52	tight thermal	0.13	0.5
2	2	C	52	tight thermal	0.14	0.5
2	3	D	52	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	211	-
R_work	0.265	3451	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9971	-0.4539	0.6138	1.7399	-0.3414	1.6703	0.0242	0.0528	-0.1145	-0.1143	-0.0482	0.1834	0.1209	-0.1141	0.024	-0.2783	0.051	0.0957	-0.2415	0.1294	-0.2687	-13.5028	37.824	-28.2904
2	1.6813	-0.4088	0.4087	1.6821	-0.8922	1.5344	0.1257	0.0977	0.1574	-0.0357	-0.2008	-0.1885	0.1286	0.0703	0.0751	-0.287	0.0633	0.0903	-0.2783	0.1211	-0.265	22.7849	18.7563	-14.7309
3	2.5234	-0.8843	-0.199	1.9387	-0.4955	1.8957	-0.1792	-0.3499	0.1174	0.2955	0.1183	-0.0768	-0.4672	0.0605	0.0609	-0.1271	0.0731	0.0862	-0.2679	0.0683	-0.3231	7.4251	72.1322	-28.9616
4	2.7892	-0.1871	-1.2165	2.2748	-0.3036	2.6122	-0.1558	-0.299	-0.2984	-0.1253	-0.1192	-0.585	0.0153	0.5915	0.275	-0.2901	0.0802	0.1664	-0.1057	0.2445	0.0202	41.4313	47.6352	-36.9575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 357
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 357
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 357
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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