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- PDB-3fwo: The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fwo
タイトルThe large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with Methymycin
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
キーワードRIBOSOME / large subunit / 50S / Deinococcus Radiodurans / X-ray structure / peptidyl-transferase / peptide bond formation / antibiotics / macrolides
機能・相同性Chem-MT9 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Auerbach, T. / Mermershtain, I. / Bashan, A. / Davidovich, C. / Rozenberg, H. / Sherman, D.H. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Biotechnologia / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the antibacterial activity of the 12-membered-ring mono-sugar macrolide methymycin
著者: Auerbach, T. / Mermershtain, I. / Bashan, A. / Davidovich, C. / Rozenberg, H. / Sherman, D.H. / Yonath, A.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S RIBOSOMAL RNA
B: 5S RIBOSOMAL RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)971,9043
ポリマ－971,4352
非ポリマー4701
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.499, 415.691, 701.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 6460405
#2: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38029.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 6460405
#3: 化合物 ChemComp-MT9 / (3R,4S,5S,7R,9E,11S,12R)-12-ethyl-11-hydroxy-3,5,7,11-tetramethyl-2,8-dioxooxacyclododec-9-en-4-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside / methymycin / メチマイシン


分子量: 469.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H43NO7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-210.873
シンクロトロンESRF ID23-121
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8731
211
反射解像度: 3.7→30 Å / Num. all: 266522 / Num. obs: 251032 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 6.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.71→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 20427952.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.337 12496 5 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.278 251032 94.7 %-
all-266522 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.3087 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 134.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.87 Å20 Å20 Å2
2--76.03 Å20 Å2
3----43.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.99 Å0.89 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.35 Å1.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 61852 33 0 61885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramMETH_050808.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramdna-rna-allatom.top
X-RAY DIFFRACTION4METH_050808.parion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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