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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ftk | ||||||
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タイトル | NVGSNTY segment from Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or Amylin), hydrated crystal form | ||||||
![]() | NVGSNTY heptapeptide segment from Islet Amyloid Polypeptide | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiltzius, J.J.W. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance 著者: Wiltzius, J.J. / Landau, M. / Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Apostol, M.I. / Goldschmidt, L. / Soriaga, A.B. / Cascio, D. / Rajashankar, K. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS A INDEFINITELY LONG PAIR OF SHEETS (A PROTOFIBRIL). ONE SHEET FORMED BY CHAIN A AND CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE "B" CELL DIMENSION (E.G. X,Y,Z AND X,Y+1,Z). THE SECOND SHEET IS CONSTRUCTED FROM -X, Y+1/2,-Z AND CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE "B" CELL DIMENSION (E.G. -X, Y+3/2,-Z). |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 753.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→90 Å / Num. all: 742 / Num. obs: 742 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Χ2: 1.033 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.62 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 134 / Χ2: 1.191 / % possible all: 86.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 10.79 Å2 / Biso mean: 4.184 Å2 / Biso min: 2.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.672 Å / Total num. of bins used: 5
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