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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fsd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function in nutrient uptake (YP_427473.1) from RHODOSPIRILLUM RUBRUM ATCC 11170 at 1.70 A resolution | ||||||
![]() | NTF2-like protein of unknown function in nutrient uptake | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / YP_427473.1 / NTF2-like protein of unknown function in nutrient uptake / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF4440 / Domain of unknown function (DUF4440) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Unknown ligand / DUF4440 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function in nutrient uptake (YP_427473.1) from RHODOSPIRILLUM RUBRUM ATCC 11170 at 1.70 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT A DIMER IS THE STABLE OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION. THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION IS SUPPORTED BY ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND STATIC LIGHT SCATTERING. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14614.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rru_A2386, YP_427473.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20.0% polyethylene glycol 3350, 0.2M magnesium chloride, ADDITIVE: 0.001M uridine 5'-monophosphate (UMP), NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→27.287 Å / Num. obs: 12272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 20.479 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 15.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.AN UNIDENTIFIED LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE. 4.1,2-ETHANEDIOL (EDO) MOLECULES FROM THE CRYOPROTECTION CONDITION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5.GLY 118 IN CHAIN A HAS BEEN MODELED INTO POOR ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.65 Å2 / Biso mean: 24.583 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.287 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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