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Yorodumi- PDB-3frw: Crystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3frw | ||||||
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Title | Crystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum | ||||||
Components | Putative Trp repressor proteinTryptophan repressor | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC21159 / TrpR / Trp repressor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ruminococcus obeum ATCC 29174 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray crystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum. Authors: Osipiuk, J. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3frw.cif.gz | 169.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3frw.ent.gz | 144.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3frw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3frw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3frw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12496.508 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruminococcus obeum ATCC 29174 (bacteria) Gene: RUMOBE_00155 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A5ZMD8 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 0.2 M Sodium acetate, 20% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2008 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→42.3 Å / Num. all: 69539 / Num. obs: 69539 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 2.9 / Net I/σ(I): 34.781 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique all: 3446 / Χ2: 1.777 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.23 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.146 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY. 3. PROGRAM PHENIX HAS ALSO BEEN USED IN REFINEMENT.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.58 Å2 / Biso mean: 26.259 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→42.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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