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- PDB-3frw: Crystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3frw
タイトルCrystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum
要素Putative Trp repressor proteinTryptophan repressor
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / APC21159 / TrpR / Trp repressor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
TrpR homologue YerC/YecD / TrpR-like / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / TrpR family protein YerC/YecD
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus obeum ATCC 29174 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative TrpR protein from Ruminococcus obeum.
著者: Osipiuk, J. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Trp repressor protein
B: Putative Trp repressor protein
C: Putative Trp repressor protein
D: Putative Trp repressor protein
E: Putative Trp repressor protein
F: Putative Trp repressor protein
G: Putative Trp repressor protein
H: Putative Trp repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,14911
ポリマ－99,9728
非ポリマー1773
水7,837435
1
A: Putative Trp repressor protein
B: Putative Trp repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0523
ポリマ－24,9932
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: Putative Trp repressor protein
D: Putative Trp repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0523
ポリマ－24,9932
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
3
E: Putative Trp repressor protein
F: Putative Trp repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0523
ポリマ－24,9932
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
4
G: Putative Trp repressor protein
H: Putative Trp repressor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9932
ポリマ－24,9932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.601, 110.991, 77.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative Trp repressor protein / Tryptophan repressor


分子量: 12496.508 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus obeum ATCC 29174 (バクテリア)
遺伝子: RUMOBE_00155 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5ZMD8
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 20% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→42.3 Å / Num. all: 69539 / Num. obs: 69539 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 2.9 / Net I/σ(I): 34.781
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique all: 3446 / Χ2: 1.777 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.23 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY. 3. PROGRAM PHENIX HAS ALSO BEEN USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3481 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 69037 --
obs0.182 69037 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.58 Å2 / Biso mean: 26.259 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å2-0.11 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 12 435 6551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9718659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8935824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21224.268321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.134151293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1421552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8771.53861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66526292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02332553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8194.52326
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 240 -
Rwork0.222 4594 -
all-4834 -
obs-4834 94.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6021-0.0335-1.84461.5618-0.27564.66570.01650.71450.031-0.2666-0.0215-0.10460.05610.09230.0050.05860.0144-0.01340.203-0.010.083560.795125.55299.4613
21.6489-0.187-0.31661.70052.03864.18820.00460.21830.00710.1003-0.12640.07980.0815-0.17070.12180.0211-0.0077-0.00020.04660.01920.051555.439527.742824.0513
30.86930.09992.06490.09740.32915.1322-0.1294-0.03160.0844-0.10950.0504-0.0209-0.4279-0.05460.07890.17060.00990.00970.1136-0.02230.093587.777335.417-8.4093
42.2348-1.3111.52671.6399-1.48974.5717-0.0322-0.14590.01240.04530.0658-0.1432-0.01720.2136-0.03360.0481-0.01320.00620.1627-0.05780.062493.809430.55835.6527
52.1542-0.9854-0.4042.46771.94662.2041-0.02050.0262-0.03790.17890.0926-0.09260.34250.143-0.07210.08050.00620.00630.22920.03970.090188.061736.667234.0594
65.2758-1.8585-0.53193.6023-0.34012.5987-0.00450.10751.08890.1077-0.00890.0439-0.43630.16740.01340.0751-0.0317-0.01980.16890.05580.304382.34850.893535.8695
70.71871.14830.11346.70870.43690.2599-0.06630.1057-0.0446-0.1810.0743-0.2888-0.03280.0128-0.00810.03190.0076-0.00230.0393-0.01990.040755.345269.164427.5773
80.92771.451-0.31946.452-2.050.7153-0.02760.0087-0.1645-0.18630.14260.32780.0959-0.0605-0.11510.05720.00210.02070.0536-0.01960.160849.718754.593631.2665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8H6 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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