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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fpz | |||||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae THI4p is a suicide thiamin thiazole synthase | |||||||||
![]() | Thiazole biosynthetic enzyme | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Thiazole biosynthetic enzyme in yeast / FAD / Mitochondrion / NAD / Thiamine biosynthesis / Transit peptide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cysteine-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine biosynthetic process / mitochondrial genome maintenance / ferrous iron binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bale, S. / Chatterjee, A. / Dorrestein, P.C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Saccharomyces cerevisiae THI4p is a suicide thiamine thiazole synthase. 著者: Chatterjee, A. / Abeydeera, N.D. / Bale, S. / Pai, P.J. / Dorrestein, P.C. / Russell, D.H. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Structural insights into the function of the thiamin biosynthetic enzyme Thi4 from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Jurgenson, C.T. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 976.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 980.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rp0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 16 - 326 / Label seq-ID: 16 - 326
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34995.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: THI4, ESP35, MOL1, YGR144W, G6620 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE FORMATION OF DHA FROM CYS IS DUE TO THE REACTION CATALYZED BY THE ENZYME. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.65-2.00 M Li2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9831 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 63286 / Num. obs: 63274 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 22.669 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6023 / Rsym value: 0.256 / Χ2: 0.803 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1RP0 解像度: 1.82→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 2.694 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.97 Å2 / Biso mean: 28.26 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→49.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2306 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.822→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
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