PDB-3fpe: Crystal Structure of MtNAS in complex with thermonicotianamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fpe

タイトル

Crystal Structure of MtNAS in complex with thermonicotianamine

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / thermonicotianamine / nicotianamine

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dreyfus, C. / Pignol, D. / Arnoux, P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystallographic snapshots of iterative substrate translocations during nicotianamine synthesis in Archaea
著者: Dreyfus, C. / Lemaire, D. / Mari, S. / Pignol, D. / Arnoux, P.

履歴

登録	2009年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fpe.cif.gz	124.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fpe.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fpe_validation.pdf.gz	997.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fpe_full_validation.pdf.gz	1003.4 KB	表示
XML形式データ	3fpe_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	3fpe_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fpfC 3fpgC 3fphC 3fpjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fpg-d 3fpj-d 3o31-d 4c9j-d 3fph-d 2xrc-1 6p3k-1 5fom-1 1oj4-d 5azt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.410, 68.280, 147.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / MtNAS 分子量: 33850.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: MTH675 / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26771
#2: 化合物	ChemComp-TNA / N-[(3S)-3-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl]amino}-3-carboxypropyl]-L-glutamic acid / thermonicotianamine 分子量: 349.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃N₃O₈
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 3350, 400mM NaBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	0.9792
シンクロトロン	ESRF	BM30A	2	0.98076, 0.98064, 0.97857

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2007年11月19日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年2月25日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.98076	1
3	0.98064	1
4	0.97857	1

反射

解像度: 1.7→44.677 Å / Num. all: 71146 / Num. obs: 71075 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5.43

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	4.8	0.337	1.9	50200	10418	0.337	99.9
1.79-1.9	4.8	0.23	2.8	47580	9859	0.23	99.7
1.9-2.03	4.8	0.159	4.1	44794	9260	0.159	99.7
2.03-2.19	4.8	0.109	6.2	41585	8591	0.109	99.2
2.19-2.4	4.8	0.095	6.8	38286	7904	0.095	98.8
2.4-2.69	4.8	0.08	7.8	34513	7144	0.08	98.2
2.69-3.1	4.8	0.089	6.7	30063	6288	0.089	97.8
3.1-3.8	4.7	0.083	7.1	24847	5328	0.083	97.3
3.8-5.38	4.4	0.054	11	17908	4111	0.054	95.5
5.38-44.68	4.3	0.051	12.4	9392	2172	0.051	88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→39.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.058 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	3536	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	71011	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.73 Å² / B_iso mean: 16.848 Å² / B_iso min: 5.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4222	0	50	507	4779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.981	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.227	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.82	23.039	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.768	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.24	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.955	1.5	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.454	2	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.623	3	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.002	4.5	1638

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	234	-
R_work	0.257	5031	-
all	-	5265	-
obs	-	-	99.85 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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