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- PDB-1oj4: Ternary complex of 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oj4
タイトルTernary complex of 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
要素4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / ISOPRENOIDS BIOSYNTHESIS / GHMP KINASE SUPERFAMILY TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup ...4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL / 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Miallau, L. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Biosynthesis of Isoprenoids: Crystal Structure of 4-Diphosphocytidyl-2C-Methyl-D-Erythritol Kinase
著者: Miallau, L. / Alphey, M.S. / Kemp, L.E. / Leonard, G.A. / Mcsweeney, S.M. / Hecht, S. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Rohdich, F. / Hunter, W.N.
履歴
登録2003年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
B: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6247
ポリマ－62,5332
非ポリマー2,0905
水6,900383
1
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3304
ポリマ－31,2671
非ポリマー1,0633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2943
ポリマ－31,2671
非ポリマー1,0282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.000, 76.300, 68.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE / CMK / 4-(CYTIDINE-5'-DIPHOSPHO)-2-C-METHYL-D -ERYTHRITOL KINASE


分子量: 31266.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8FI04, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase
#2: 化合物 ChemComp-CDM / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL / シチジン5′-二りん酸β-[(2R,3S)-2,3,4-トリヒドロキシ-3-メチルブチル]


分子量: 521.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: ATP + 4-(CYTIDINE 5'-DIPHOSPHO)-2-C -METHYL-D-ERYTHRITOL = ADP + 2-PHOSPHO-4- ...CATALYTIC ACTIVITY: ATP + 4-(CYTIDINE 5'-DIPHOSPHO)-2-C -METHYL-D-ERYTHRITOL = ADP + 2-PHOSPHO-4-(CYTIDINE 5'- DIPHOSPHO)-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % POLYETHYLENE GLYCOL 8000 0.2 M MAGNESUIM ACTETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 20MM SULFOBETAIN
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 %PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
40.25 Msulfo-betaine1reservoir
550 mMTris-HCl1droppH8.5
650 mM1dropNaCl
725 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: LENSES
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 39761 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 5.58 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 364197 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0147 / Mean I/σ(I) obs: 5.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE/RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.01→65.94 Å / SU B: 3.4 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.153
詳細: FURTHER REFINEMENTS SHOWED A SINGLE CONFORMATION OF THE GAMMA-PHOSHATE IN THE A-SUBUNIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 1972 5 %RANDOM
Rwork0.16552 ---
obs0.1674 39761 97.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4357 0 128 383 4868
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. reflection Rfree: 1988 / Rfactor Rfree: 0.202 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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