PDB-3foa: Crystal structure of the bacteriophage T4 tail sheath protein, de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3foa

タイトル

Crystal structure of the bacteriophage T4 tail sheath protein, deletion mutant gp18M

要素

Tail sheath protein Gp18

キーワード

VIRAL PROTEIN / alpha-beta / viral structural protein / bacteriophage T4 / tail sheath

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Aksyuk, A.A. / Leiman, P.G. / Kurochkina, L.P. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: The tail sheath structure of bacteriophage T4: a molecular machine for infecting bacteria.
著者: Anastasia A Aksyuk / Petr G Leiman / Lidia P Kurochkina / Mikhail M Shneider / Victor A Kostyuchenko / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /

要旨: The contractile tail of bacteriophage T4 is a molecular machine that facilitates very high viral infection efficiency. Its major component is a tail sheath, which contracts during infection to less ...

履歴

登録	2008年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3foa.cif.gz	727 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3foa.ent.gz	612.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3foa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3foa_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3foa_full_validation.pdf.gz	594.9 KB	表示
XML形式データ	3foa_validation.xml.gz	79.6 KB	表示
CIF形式データ	3foa_validation.cif.gz	104.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3fo8SC 3fohC 3foiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wam-2 6wan-1 6wam-1 3qtt-1 6wan-2 2px2-d 6wam-4 6wan-5 6wan-4 4nnh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail sheath protein Gp18

B: Tail sheath protein Gp18

C: Tail sheath protein Gp18

D: Tail sheath protein Gp18

219 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tail sheath protein Gp18

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tail sheath protein Gp18

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3

C: Tail sheath protein Gp18

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4

D: Tail sheath protein Gp18

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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.590, 116.290, 433.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain D and (resid 30:85 or resid 350:429 or resid 441:479)
2	1	chain B and (resid 30:85 or resid 350:429 or resid 441:479)
3	1	chain C and (resid 30:85 or resid 350:429 or resid 441:479)
4	1	chain A and (resid 30:85 or resid 350:429 or resid 441:479)
1	2	chain D and (resid 190:340)
2	2	chain B and (resid 190:340)
3	2	chain C and (resid 190:340)
1	3	chain D and (resid 190:340)
2	3	chain A and (resid 190:340)
1	4	chain D and (resid 100:170)
2	4	chain A and (resid 100:170)
3	4	chain B and (resid 100:170)
4	4	chain C and (resid 100:170)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	D	D	30 - 85	30 - 85
1	2	1	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	350 - 429	350 - 429
1	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	D	D	441 - 479	441 - 479
2	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	30 - 85	30 - 85
2	2	1	VAL	VAL	TRP	TRP	B	B	350 - 429	350 - 429
2	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	B	B	441 - 479	441 - 479
3	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	30 - 85	30 - 85
3	2	1	VAL	VAL	TRP	TRP	C	C	350 - 429	350 - 429
3	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	C	C	441 - 479	441 - 479
4	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	30 - 85	30 - 85
4	2	1	VAL	VAL	TRP	TRP	A	A	350 - 429	350 - 429
4	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	441 - 479	441 - 479
1	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	190 - 340	190 - 340
2	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	190 - 340	190 - 340
3	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	190 - 340	190 - 340
1	1	3	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	190 - 340	190 - 340
2	1	3	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	190 - 340	190 - 340
1	1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	100 - 170	100 - 170
2	1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	100 - 170	100 - 170
3	1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	100 - 170	100 - 170
4	1	4	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	100 - 170	100 - 170

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Tail sheath protein Gp18 分子量: 54645.965 Da / 分子数: 4 / 断片: deletion mutant gp18M: UNP Residues 1-510 / 変異: R510P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 18, GB AAA32541 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13332
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE COMPLETELY AGREES WITH THE GENBANK ENTRY AAA32541, PUBMED REPORT 2964531

#1: タンパク質

Tail sheath protein Gp18

分子量: 54645.965 Da / 分子数: 4 / 断片: deletion mutant gp18M: UNP Residues 1-510 / 変異: R510P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 18, GB AAA32541 / プラスミド: pET22 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13332

配列の詳細

AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE COMPLETELY AGREES WITH THE GENBANK ENTRY AAA32541, PUBMED REPORT 2964531

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 20000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 32322 / % possible obs: 87.77 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.425 / Net I/σ(I): 11.905
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.291 / Num. unique all: 1947 / Χ²: 1.112 / % possible all: 61.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FO8

3fo8

解像度: 3.5→49.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.756 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: 3 TLS groups per monomer were used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	1408	4.96 %	RANDOM
R_work	0.267	-	-	-
all	0.269	32322	-	-
obs	0.2687	28369	87.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.38 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 417.78 Å² / B_iso mean: 95.167 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.635 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	33.758 Å²	0 Å²
3-	-	-	-22.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.795 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14406	0	0	0	14406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14666
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	19942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.683	5144

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	D	1352	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1352	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	3	C	1352	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
1	4	A	1352	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	1	D	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	3	C	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
3	1	D	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	A	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
4	1	D	540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	A	540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
4	3	B	540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
4	4	C	540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.5-3.625	0.372	105	0.346	1932	2037	64
3.625-3.77	0.378	105	0.345	2248	2353	75
3.77-3.942	0.318	143	0.317	2464	2607	82
3.942-4.149	0.341	147	0.286	2729	2876	90
4.149-4.409	0.287	148	0.252	2841	2989	94
4.409-4.749	0.321	151	0.237	2921	3072	95
4.749-5.227	0.254	151	0.242	2925	3076	96
5.227-5.982	0.283	142	0.23	2958	3100	96
5.982-7.533	0.263	167	0.228	2948	3115	95
7.533-49.8	0.239	149	0.217	2995	3144	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2625	-1.806	0.6696	0.811	-0.8204	4.5498	0.1235	0.5516	-0.476	-0.0624	-0.3794	-0.4265	-0.3624	2.1289	-0.1067	0.5749	-0.3716	-0.1848	1.189	0.1177	0.3916	9.8775	47.1625	-125.2979
2	2.6026	0.7664	-1.0461	-0.3342	1.8104	2.5283	0.4291	0.1187	-0.1352	-0.2828	-0.4666	-0.2894	0.3504	0.0845	0.0045	0.226	-0.077	-0.022	0.2406	0.2141	0.4152	-20.8662	4.6324	-31.5817
3	1.1478	0.6188	0.3486	5.8283	2.0363	1.1994	-0.0085	0.4277	0.2044	-0.6178	-0.1876	0.1989	-0.562	-0.6022	0.0002	0.6649	0.3207	-0.2069	0.6842	-0.0874	0.4443	9.0417	-36.5609	-75.1572
4	2.821	-0.9763	0.4273	1.5957	-0.8893	2.2255	0.0558	0.063	-0.0323	-0.236	-0.0381	0.3923	-0.1812	0.1438	-0.02	0.2445	0.0428	0.0623	0.2954	0.1185	0.1829	42.1471	12.0719	16.8198
5	0.7747	0.3612	3.1443	0.4552	0.4749	2.3879	1.2486	1.8814	-1.2447	-0.1761	0.0405	-0.5022	1.5981	2.0673	0.0788	1.25	1.0703	-0.6185	1.8522	-0.6017	1.2126	26.9126	22.2119	-106.0763
6	3.9905	1.8664	1.3133	0.2308	0.3948	1.1413	0.1047	-0.0024	-0.5294	0.118	0.1314	0.1184	0.0798	-0.4466	0.0008	0.3963	0.1209	0.0584	0.2191	0.0486	0.4623	3.6655	16.0358	-55.3748
7	1.4872	-0.2018	-0.5445	1.9932	-0.9005	1.5336	0.1581	0.2093	0.0502	0.048	-0.0714	0.0516	-0.1142	0.1896	0.0001	0.5133	0.2087	-0.0912	0.3243	0.0041	0.4539	19.6068	-10.4901	-52.7425
8	3.3625	-2.6948	0.9406	1.0863	0.2821	3.12	-0.002	-0.242	-0.0338	0.1713	0.106	0.0851	-0.121	-0.1543	-0.0001	0.4848	0.0176	0.0249	0.3333	0.0701	0.4664	14.1139	23.994	-2.2496
9	1.621	-1.5672	0.0379	3.588	0.5424	2.7967	0.326	-0.6649	-1.6047	0.0744	1.029	0.3185	1.0536	0.2794	1.7729	0.7283	0.3488	-0.3208	0.7998	0.1084	0.6822	21.8754	25.1601	-80.9939
10	1.5842	-1.1687	1.0196	0.4098	0.0043	2.0317	-0.0733	0.6789	-0.4601	0.1495	0.0211	-0.3669	0.0551	0.9033	-0.3426	0.5465	0.4221	-0.0445	0.6865	-0.2407	0.5059	-2.8454	7.1593	-78.756
11	-0.1382	0.2668	-1.971	0.3577	0.7722	-0.2633	-0.016	-0.0189	0.4703	0.7877	-0.2791	0.4723	-0.3849	-0.2854	0	0.6941	0.1139	-0.072	0.7931	0.0297	0.6159	12.6602	-16.4084	-28.7285
12	-0.3104	-0.6781	0.7292	1.2515	-2.5541	0.741	0.0214	0.3316	0.0372	0.2359	0.0429	-0.0028	-0.0968	-0.363	0	0.5016	-0.0181	0.0796	0.5213	0.0839	0.4059	17.7937	19.5399	-27.331
13	0.5361	-0.367	1.8132	-0.3135	-0.7359	5.3846	0.1564	0.5718	-0.1884	0.2379	-0.353	0.8563	0.6799	1.2382	0.0549	0.3233	-0.2054	0.0089	0.3669	0.0915	0.635	-5.5539	44.5834	-134.5904
14	1.8671	-0.395	-2.9321	1.0294	1.0552	6.6844	-0.5058	-1.0001	1.3844	-0.185	-0.3657	1.2625	1.0003	1.2862	-0.7121	0.3824	-0.1535	-0.2256	0.4828	-0.1429	0.3266	-34.0589	14.8163	-24.6509
15	2.8165	1.0701	-1.2237	4.2358	2.4346	6.7717	0.908	-0.6133	-0.7762	-0.8141	-0.4888	-1.2805	-2.1721	-1.4593	0.3801	0.6529	0.3117	-0.1736	0.3994	0.0315	0.3377	19.2034	-49.7905	-82.5481
16	7.8677	-6.789	-1.1033	6.92	-2.7882	1.1787	-1.2853	-0.5229	-1.5242	0.6642	0.2355	-0.4747	-0.7643	-0.7405	-2.7187	0.0887	0.3255	-0.0399	0.0838	-0.0259	0.4356	43.8558	-2.8777	26.1625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 24:87 or resid 346:484)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and (resid 22:87 or resid 346:484)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 23:87 or resid 346:484)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and (resid 18:87 or resid 346:484)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 88:97 or resid 189:345)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 88:97 or resid 189:345)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 88:97 or resid 189:345)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and (resid 88:97 or resid 189:345)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and (resid 98:188)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and (resid 98:188)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and (resid 98:188)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and (resid 98:188)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain A and (resid 496:)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and (resid 496:)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and (resid 496:)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain D and (resid 496:)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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