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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fn2
タイトルCrystal structure of a putative sensor histidine kinase domain from Clostridium symbiosum ATCC 14940
要素Putative sensor histidine kinase domain
キーワードTRANSFERASE / gut microbiome / sensor histidine kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性histidine kinase doma clostridium symbiosum atcc 14940 / histidine kinase doma clostridium symbiosum atcc 14940 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Clostridium symbiosum ATCC 14940 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative sensor histidine kinase domain from Clostridium symbiosum ATCC 14940
著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sensor histidine kinase domain
B: Putative sensor histidine kinase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6155
ポリマ－25,4192
非ポリマー1963
水2,774154
1
A: Putative sensor histidine kinase domain
B: Putative sensor histidine kinase domain
ヘテロ分子

A: Putative sensor histidine kinase domain
B: Putative sensor histidine kinase domain
ヘテロ分子

A: Putative sensor histidine kinase domain
B: Putative sensor histidine kinase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,84615
ポリマ－76,2586
非ポリマー5889
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area22860 Å2
ΔGint-151.2 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.252, 107.252, 49.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative sensor histidine kinase domain


分子量: 12709.665 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 41-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium symbiosum ATCC 14940 (バクテリア)
プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Acetate pH 4.5, 0.8M NaH2PO4, 1.4M K2HPO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97945, 0.97921
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979211
Reflection冗長度: 5.6 % / Av σ(I) over netI: 30.42 / 数: 91098 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.37 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16144 / % possible obs: 95.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.165096.310.0912.5996.1
4.095.1695.410.0695.9235
3.584.0999.810.0674.5095.6
3.253.5899.910.0723.5335.8
3.023.2510010.0822.7035.9
2.843.0299.910.0922.0355.9
2.72.8499.910.111.795.9
2.582.710010.1191.5596.1
2.482.5810010.1161.3126
2.392.4810010.1381.2386
2.322.3910010.161.1266.1
2.252.3210010.1781.0326
2.192.2510010.1850.9055.9
2.142.1910010.2120.8915.7
2.092.1498.810.2220.8185.4
2.052.0996.310.2580.8125.1
2.012.0590.710.2880.7955.1
1.972.0184.210.3270.7335.2
1.931.9779.510.3920.7664.9
1.91.9373.610.4860.7114.5
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 16144 / Num. obs: 16144 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.37 / Net I/σ(I): 30.418
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique all: 626 / Χ2: 0.711 / % possible all: 73.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.35 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 16072 / Reflection centric: 0
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

IDR cullis acentricLoc acentricPower acentricReflection acentric
11.610.3016072
20.911.30.6614164
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricPower acentricReflection acentric
112.01-501.661.6053
16.82-12.011.431.40284
14.76-6.821.4110669
13.66-4.761.040.601275
12.97-3.661.360.302050
12.5-2.973.020.202962
12.16-2.55.920.104059
11.9-2.161.960.104720
212.01-500.7419.21.9351
26.82-12.010.7819.61.62280
24.76-6.820.7416.31.61668
23.66-4.760.8317.30.981272
22.97-3.660.8712.60.822049
22.5-2.970.939.50.592957
22.16-2.50.979.40.334058
21.9-2.160.999.90.22829
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se56.90908-0.444-0.821-0.0950
2Se40.21751-0.455-0.8130.0520
3Se27.10509-0.579-0.833-0.0380
4Se37.5885-0.404-0.910.0030
5Se73.88927-0.303-0.836-0.10
6Se43.29974-0.263-0.8060.0540
7Se60.29614-0.444-0.821-0.096-0.148
8Se43.25515-0.455-0.8130.051-0.15
9Se30.8031-0.579-0.834-0.039-0.115
10Se36.22847-0.404-0.910.002-0.087
11Se77.62359-0.303-0.836-0.101-0.1
12Se51.3333-0.262-0.8060.054-0.101
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric反射
12.01-5000.6880530
6.82-12.0100.71802840-1073754472
4.76-6.8200.74306690
3.66-4.7600.641012750
2.97-3.6600.596020500135909581
2.5-2.9700.4290296203
2.16-2.500.258040590-1
1.9-2.1600.114047200
Phasing dm手法: Solvent flattening and histogram matching / 反射: 16072
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.01-10047.10.84508
4.75-6.0143.30.921516
4.15-4.75460.937513
3.79-4.1544.80.915512
3.53-3.7942.70.917518
3.32-3.5347.50.905505
3.16-3.3246.50.901515
3.02-3.1644.70.886532
2.9-3.0252.40.86532
2.79-2.948.90.867574
2.69-2.7954.20.828600
2.61-2.6956.70.84610
2.53-2.6156.50.84622
2.45-2.5358.80.844655
2.39-2.4559.50.821674
2.33-2.3960.60.804699
2.27-2.3362.60.8698
2.22-2.2768.90.812731
2.17-2.2269.30.834764
2.12-2.1772.10.818747
2.08-2.1273.70.821759
2.03-2.0877.40.847780
2-2.0375.50.828716
1.96-276.90.779664
1.9-1.96790.7471128

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 8.653 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.17
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 812 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.19 16072 --
obs0.19 16072 95.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.7 Å2 / Biso mean: 33.198 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.41 Å2-1.21 Å20 Å2
2---2.41 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 10 154 1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9732283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85132887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.045202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.3124.62493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33815334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0621512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9251.5981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2391.5409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68721581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7463719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3984.5701
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 53 -
Rwork0.245 883 -
all-936 -
obs--75.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1249-0.27360.34582.53770.73822.1390.01660.0260.22740.0397-0.0619-0.2561-0.1282-0.02990.04520.0148-0.0059-0.00470.0370.01140.060616.32886.75233.5816
22.2041-0.48230.07072.84560.6651.65850.06680.1328-0.0296-0.1106-0.0448-0.28970.0661-0.0284-0.0220.0126-0.00560.01510.05270.00170.060717.61720.775430.7089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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