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- PDB-3fn2: Crystal structure of a putative sensor histidine kinase domain fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fn2 | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative sensor histidine kinase domain from Clostridium symbiosum ATCC 14940 | ||||||
![]() | Putative sensor histidine kinase domain | ||||||
![]() | TRANSFERASE / gut microbiome / sensor histidine kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | histidine kinase doma clostridium symbiosum atcc 14940 / histidine kinase doma clostridium symbiosum atcc 14940 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of a putative sensor histidine kinase domain from Clostridium symbiosum ATCC 14940 Authors: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 44.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
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Components
#1: Protein | Mass: 12709.665 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Residues 41-143 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-K / | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.1M Acetate pH 4.5, 0.8M NaH2PO4, 1.4M K2HPO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 5.6 % / Av σ(I) over netI: 30.42 / Number: 91098 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.37 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16144 / % possible obs: 95.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 16144 / Num. obs: 16144 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.37 / Net I/σ(I): 30.418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique all: 626 / Χ2: 0.711 / % possible all: 73.6 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.35 / FOM centric: 0 / Reflection: 0 / Reflection acentric: 16072 / Reflection centric: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and histogram matching / Reflection: 16072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.7 Å2 / Biso mean: 33.198 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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