[日本語] English
万見
- PDB-5m60: Chaetomium thermophilum beta-1-3-glucanase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m60
タイトルChaetomium thermophilum beta-1-3-glucanase
要素Beta-1,3-glucanase
キーワードTRANSFERASE / cellulose / glucanase / fungus / thermostability / glucans
機能・相同性
機能・相同性情報


polygalacturonase activity
類似検索 - 分子機能
Polygalacturonase QRT3-like / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Beta-1,3-glucanase / Exo-beta-1,3-glucanase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Chen, J. / Li, D.
引用
ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and biological implications of a glycoside hydrolase family 55 beta-1,3-glucanase from Chaetomium thermophilum.
著者: Papageorgiou, A.C. / Chen, J. / Li, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Expression, purification and crystallization of a family 55 beta-1,3-glucanase from Chaetomium thermophilum.
著者: Papageorgiou, A.C. / Li, D.
履歴
登録2016年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2055
ポリマ－82,1531
非ポリマー1,0524
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.661, 83.535, 65.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucanase


分子量: 82152.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Pyroglutamic acid as first residue in the structure owing to post-translational modification of glutamine at the N-terminal
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: gluN / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: D8UU87, UniProt: G0S3N2*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % / 解説: Rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 1.8 M Na/K phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.3 Å / Num. obs: 106298 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.009 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.582 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→44.291 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1816 5337 5.02 %Random
Rwork0.157 ---
obs0.1582 106263 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5777 0 69 694 6540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8658424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1983615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51710.29351800.27153337X-RAY DIFFRACTION96
1.5171-1.53490.29941520.26383279X-RAY DIFFRACTION97
1.5349-1.55360.27361810.24793316X-RAY DIFFRACTION96
1.5536-1.57330.27041540.24073305X-RAY DIFFRACTION97
1.5733-1.5940.26431710.22983314X-RAY DIFFRACTION96
1.594-1.61580.24761610.22773349X-RAY DIFFRACTION97
1.6158-1.63890.25311800.22213315X-RAY DIFFRACTION96
1.6389-1.66340.27221690.22223318X-RAY DIFFRACTION97
1.6634-1.68940.23681810.22173276X-RAY DIFFRACTION96
1.6894-1.71710.25571570.19773383X-RAY DIFFRACTION97
1.7171-1.74670.22331900.19713296X-RAY DIFFRACTION98
1.7467-1.77840.22371910.19313325X-RAY DIFFRACTION97
1.7784-1.81270.2151920.17933386X-RAY DIFFRACTION97
1.8127-1.84970.20761750.17223343X-RAY DIFFRACTION98
1.8497-1.88990.2061900.16673312X-RAY DIFFRACTION97
1.8899-1.93380.18091690.16323371X-RAY DIFFRACTION97
1.9338-1.98220.19581650.15713375X-RAY DIFFRACTION98
1.9822-2.03580.16591870.15163382X-RAY DIFFRACTION98
2.0358-2.09570.18111830.1493328X-RAY DIFFRACTION98
2.0957-2.16330.1531910.14053374X-RAY DIFFRACTION98
2.1633-2.24070.16531840.13923373X-RAY DIFFRACTION98
2.2407-2.33040.18441530.14313448X-RAY DIFFRACTION99
2.3304-2.43640.1791700.1463383X-RAY DIFFRACTION99
2.4364-2.56480.1821780.14763398X-RAY DIFFRACTION98
2.5648-2.72550.16731970.14473400X-RAY DIFFRACTION99
2.7255-2.93590.15521850.14283423X-RAY DIFFRACTION99
2.9359-3.23130.17161930.13823427X-RAY DIFFRACTION99
3.2313-3.69870.14621910.12193435X-RAY DIFFRACTION99
3.6987-4.65910.12431850.11113450X-RAY DIFFRACTION99
4.6591-44.31070.17041820.16113505X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る