PDB-6h9v: Crystal structure of deaminated P domain from norovirus strain Sa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h9v

タイトル

Crystal structure of deaminated P domain from norovirus strain Saga GII-4 in complex with Fuc

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN / PROTRUDING DOMAIN / ISOASPARTATE / ISOPEPTIDE / FUCOSE / GLYCAN / RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII-4/Saga4/2006/JP (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Meyer, P.H.O. / Blaum, B.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A post-translational modification of human Norovirus capsid protein attenuates glycan binding.
著者: Mallagaray, A. / Creutznacher, R. / Dulfer, J. / Mayer, P.H.O. / Grimm, L.L. / Orduna, J.M. / Trabjerg, E. / Stehle, T. / Rand, K.D. / Blaum, B.S. / Uetrecht, C. / Peters, T.

履歴

登録	2018年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h9v.cif.gz	373.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h9v.ent.gz	310.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oo6
類似構造データ	3q6q-d 4x05-1 4wze-d 2obs-1 3sej-4 5hza-d 4z4t-d 5bsy-d 4x0c-d 4a8f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: P-domain forms homodimer also in the context of the viral capsid

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.290, 83.950, 65.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

VP1

分子量: 34042.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E373 is converted to IAS (isoaspartate)
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII-4/Saga4/2006/JP (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5BTR7

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₄O₅

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Mg formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→39.58 Å / Num. obs: 88343 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.62 % / B_iso Wilson estimate: 21.52 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.18
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / CC_1/2: 0.316 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 1.52→39.577 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	4418	5 %
R_work	0.1473	-	-
obs	0.1491	88339	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→39.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4746	0	2	616	5364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	7153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.011	3051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.5373	0.3583	146	0.329	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5373-1.5554	0.3637	148	0.3148	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5554-1.5744	0.3299	146	0.2785	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5744-1.5943	0.2719	149	0.2703	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5943-1.6153	0.2842	148	0.2515	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6153-1.6374	0.289	147	0.2412	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6374-1.6608	0.2897	146	0.2268	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6608-1.6856	0.2446	147	0.2075	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6856-1.7119	0.2389	147	0.2068	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7119-1.74	0.2375	147	0.1866	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.77	0.2171	145	0.1872	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8022	0.2256	147	0.1822	2795	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8022-1.8369	0.2146	145	0.165	2766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8369-1.8744	0.2036	145	0.1641	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8744-1.9151	0.1664	147	0.1499	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9151-1.9597	0.1889	141	0.1505	2681	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9597-2.0087	0.1786	147	0.1433	2801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0087-2.063	0.1743	147	0.1441	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.063-2.1237	0.1625	149	0.1298	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1237-2.1922	0.1778	148	0.132	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.2706	0.1573	151	0.1319	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2706-2.3615	0.1762	148	0.1365	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3615-2.4689	0.1929	149	0.135	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4689-2.5991	0.1809	148	0.1421	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5991-2.7619	0.1761	148	0.1442	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7619-2.975	0.2035	150	0.1475	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.2743	0.1615	145	0.1307	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2743-3.7478	0.1665	143	0.1306	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7478-4.7206	0.1332	151	0.1102	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7206-39.5902	0.1778	153	0.1465	2903	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4974	-0.0668	0.1032	0.4029	-0.0046	0.3496	0.0112	0.0118	0.0129	-0.0115	-0.0126	0.0545	0.0037	-0.0088	0	0.1588	0.0017	-0.0007	0.1582	-0.0093	0.1853	-0.5043	-15.3896	60.3178
2	0.2004	0.0038	0.1062	0.2839	0.0327	0.1148	0.0003	0.0315	0.0224	-0.0669	0.0258	0.0857	-0.12	-0.0607	0	0.1952	0.0053	-0.0212	0.1734	0.0119	0.1814	-3.8892	-5.3017	48.6022
3	0.2898	0.0945	-0.1575	0.3432	0.1441	0.1822	0.0247	-0.0321	0.084	0.0267	0.026	0.0773	-0.0659	-0.0133	0	0.1785	0.007	0.0056	0.1656	-0.0107	0.1784	2.0179	-7.2185	68.4387
4	0.0358	0.061	0.0031	0.2569	0.0858	0.2675	-0.0255	0.0071	0.0058	0.0177	0.04	0.0148	0.048	0.0401	0	0.1752	0.0089	0.0087	0.1698	-0.0012	0.1816	11.5042	-22.3125	69.1644
5	0.1403	-0.17	-0.0611	0.1646	0.0249	0.1987	-0.1437	-0.1352	0.3565	0.059	0.0964	-0.0536	-0.1462	0.1156	0	0.2165	-0.0143	-0.0261	0.2011	-0.0181	0.2307	15.1664	-19.7017	77.5313
6	0.0638	0.0014	0.0539	0.0978	-0.0095	0.0395	0.0011	-0.1123	-0.0237	0.1543	-0.1038	-0.2076	0.0463	0.0957	-0.0001	0.2591	0.0102	-0.0225	0.2369	-0.0079	0.215	13.9583	-28.4091	82.0269
7	0.4664	0.2917	-0.1574	0.4892	0.0028	0.1437	-0.0235	0.0222	0.0218	-0.0268	0.0501	-0.0043	-0.0427	0.0698	0	0.1745	-0.016	-0.0014	0.2045	-0.0142	0.1663	17.5337	-21.2837	46.9857
8	0.3893	0.0818	-0.0651	0.2319	0.3233	0.3767	-0.0428	0.0546	0.0352	-0.1073	0.0274	-0.0625	-0.1193	0.0051	-0	0.2106	-0.0348	-0.0005	0.1784	0.0044	0.1657	16.6399	-7.9786	42.3638
9	0.0149	-0.037	0.034	0.0581	-0.0335	0.0639	0.0392	0.0935	0.001	-0.1443	0.0273	-0.0915	0.0425	0.1387	0	0.226	-0.0207	0.0485	0.2729	-0.0338	0.2196	23.8012	-23.4573	35.1306
10	0.3989	-0.1946	-0.1262	0.6421	0.0733	0.5357	-0.0625	0.0295	-0.0835	-0.0323	0.0503	0.0375	0.0534	0.0317	0	0.1692	0.0034	0.0042	0.1831	-0.0095	0.1818	5.9306	-38.351	45.3338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 323 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 324 through 380 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 381 through 437 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 438 through 484 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 485 through 513 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 514 through 530 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 224 through 323 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 324 through 400 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 401 through 420 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 421 through 530 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)