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万見
- PDB-3fmv: Crystal structure of the serine phosphatase of RNA polymerase II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fmv
タイトルCrystal structure of the serine phosphatase of RNA polymerase II CTD (SSU72 superfamily) from Drosophila melanogaster. Monoclinic crystal form. Northeast Structural Genomics Consortium target FR253.
要素Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / FR253 / CTD / serine phosphatase / NESG structure / Drosophila melanogaster / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity ...RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Helix Hairpins / Response regulator / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the serine phosphatase of RNA polymerase II CTD (SSU72 superfamily) from Drosophila melanogaster. Monoclinic crystal form. Northeast Structural Genomics Consortium target FR253.
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
B: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
C: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
D: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
E: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
F: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
G: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD
H: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,6148
ポリマ－186,6148
非ポリマー00
水00
1
A: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.983, 98.995, 158.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Serine phosphatase of RNA polymerase II CTD / Protein CG14216-PA / LD40846p


分子量: 23326.709 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+MAGIC / 参照: UniProt: Q9VWE4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 2% Benzamidine, 0.2M KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97920, 0.97947, 0.96791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月6日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.979471
30.967911
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 54833 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5458 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.31→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 295373.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2408 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 48916 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 6.95277 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.22 Å20 Å22.12 Å2
2--17.51 Å20 Å2
3----8.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12432 0 0 0 12432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル解像度: 3.31→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 276 4.7 %
Rwork0.314 5611 -
obs--62.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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