PDB-3fk8: The crystal structure of disulphide isomerase from Xylella fastid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fk8

タイトル

The crystal structure of disulphide isomerase from Xylella fastidiosa Temecula1

要素

Disulphide isomerase

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / APC61824.1 / disulphide isomerase / Xylella fastidiosa Temecula1 /

structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Xylella fastidiosa (ピアス病菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Tan, K. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of disulphide isomerase from Xylella fastidiosa Temecula1
著者: Tan, K. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Data collection

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fk8.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fk8.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2oq3-d 4ym3-3 6wab-4 4dom-d 6gxy-2 1xiz-1 5cbl-2 5gzd-d 3me8-2 6gxg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61824.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Disulphide isomerase

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.325, 50.236, 65.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

authors state that biological unit is experimentally unknown, and is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	Disulphide isomerase 分子量: 14777.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xylella fastidiosa (ピアス病菌) / 株: Temecula1 / 遺伝子: PD_1033, Xylella fastidiosa / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87CN2
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 0.2M Trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→27.54 Å / Num. all: 29212 / Num. obs: 29212 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 32.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 1426 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→27.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17916	1486	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15421	-	-	-
all	0.15543	27672	-	-
obs	0.15543	27672	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1023	0	12	153	1188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.956	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.508	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.836	23.962	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.727	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.835	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.861	1.5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.767	2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.486	3	445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.038	4.5	417
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.864	3	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.736	3	157
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.557	3	1128

LS精密化シェル

解像度: 1.302→1.336 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	121	-
R_work	0.274	1930	-
obs	-	2051	95.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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