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- PDB-3fk6: Crystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fk6
タイトルCrystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I)
要素Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION / Tetracycline repressor / bacterial transcription regulation / altered inducer specificity / 4-de-dimethylamino-anhydrotetracycline / Antibiotic resistance / DNA-binding / Magnesium / Metal-binding / Repressor / Transcription regulation / Transposable element
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Klieber, M.A. / Scholz, O. / Lochner, S. / Gmeiner, P. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structural origins for selectivity and specificity in an engineered bacterial repressor-inducer pair.
著者: Klieber, M.A. / Scholz, O. / Lochner, S. / Gmeiner, P. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
履歴
登録2008年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D
B: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8982
ポリマ－46,8982
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.350, 58.060, 62.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23448.801 Da / 分子数: 2
断片: DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208)
変異: H64K, S135L, S138I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR-BINDING DOMAIN (RESIDUES 51-208) FROM TETR VARIANT D
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR- ...THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR-BINDING DOMAIN (RESIDUES 51-208) FROM TETR VARIANT D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M dipotassium hydrogen phosphate, 200mM sodium chloride, 50mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 26513 / Num. obs: 24749 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.1→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 4925 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TCT

2tct


解像度: 2.1→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1995 7.5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-24749 --
obs-24749 93.4 %-
溶媒の処理Bsol: 51.836 Å2
原子変位パラメータBiso max: 87.66 Å2 / Biso mean: 43.256 Å2 / Biso min: 18.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.575 Å20 Å20.584 Å2
2---5.831 Å20 Å2
3---3.256 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3093 0 0 116 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.069
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4642.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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