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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fjl | ||||||
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タイトル | Human dihydroorotate dehydrogenase in complex with a leflunomide derivative inhibitor 3 | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Alpha-Beta Barrel / TIM Barrel / FAD / Flavoprotein / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Polymorphism / Pyrimidine biosynthesis / Transit peptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heikkila, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design, synthesis, and characterization of inhibitors of human and Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenases 著者: Davies, M. / Heikkila, T. / McConkey, G.A. / Fishwick, C.W.G. / Parsons, M.R. / Johnson, A.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 995.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 998.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 320分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/CJH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/CJH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ORO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CJH / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: drops: 50mM HEPES, pH 7.7, 400mM NaCl, 30% glycerol, 1mM EDTA, 10mM N,N-dimethylundecylamin-N-oxide (C11DAO), precipitant solution: 0.1M acetate pH 4.6-5.0, 40mM C11DAO, 20.8mM N,N- ...詳細: drops: 50mM HEPES, pH 7.7, 400mM NaCl, 30% glycerol, 1mM EDTA, 10mM N,N-dimethylundecylamin-N-oxide (C11DAO), precipitant solution: 0.1M acetate pH 4.6-5.0, 40mM C11DAO, 20.8mM N,N-dimethyldecylamine-N-oxide (DDAO), 2mM dihydroorotate (DHO), 1.8-2.4M ammonium sulfate, 1mM inhibitors, reservoir: 0.1M acetate pH 4.8, 2.4-2.6M ammonium sulfate, 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→78.81 Å / Num. all: 46965 / Num. obs: 46758 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→78.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
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