PDB-3fif: Crystal structure of the ygdR protein from E.coli. Northeast Stru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fif

タイトル

Crystal structure of the ygdR protein from E.coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.

要素

Uncharacterized ligand
Uncharacterized lipoprotein ygdR

キーワード

structural genomics / unknown function / ygdR YGDR_ECOLI NESG X-RAY STRUCTURE / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Cell membrane / Lipoprotein / Membrane / Palmitate

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rossi, P. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J.C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ygdR protein from E.coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rossi, P. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J.C. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / ...

履歴

登録	2008年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fif.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fif.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rb6S 2jno PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kaz-d 4zka-4 3upa-1 6g2k-2 2gk2-1 4zka-6 1uz9-d 6fxa-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ER382A

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized lipoprotein ygdR

B: Uncharacterized lipoprotein ygdR

C: Uncharacterized lipoprotein ygdR

D: Uncharacterized lipoprotein ygdR

E: Uncharacterized lipoprotein ygdR

F: Uncharacterized lipoprotein ygdR

G: Uncharacterized lipoprotein ygdR

H: Uncharacterized lipoprotein ygdR

Y: Uncharacterized ligand

58.3 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Uncharacterized lipoprotein ygdR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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9

Y: Uncharacterized ligand

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
417 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.017, 41.056, 73.748
Angle α, β, γ (deg.)	99.95, 102.33, 104.40
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

monomer

#1: タンパク質	Uncharacterized lipoprotein ygdR 分子量: 7239.302 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ygdR, b2833, JW2801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: P65294
#2: タンパク質・ペプチド	Uncharacterized ligand 分子量: 417.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT CHAIN Y IS UNKNOWN LIGAND MODELED AS POLY-GLY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12% PEG400, 0.1M Na-Acetate, 0.1M KH2PO4, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 453287 / Num. obs: 22734 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2RB6

2rb6

解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.878 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 30.04 / SU ML: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25253	555	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23802	-	-	-
obs	0.23871	11125	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0.76 Å²	-0.44 Å²
2-	-	0 Å²	-0.38 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3558	0	0	91	3649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.94	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.027	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.168	25.604	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.975	15	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.744	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.383	1.5	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.44	2	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.754	3	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.15	4.5	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.702→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	36	-
R_work	0.254	742	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.4824 Å / Origin y: -4.151 Å / Origin z: 6.7935 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0912 Å²	0.0044 Å²	0.0044 Å²	-	0.089 Å²	-0.0022 Å²	-	-	0.0709 Å²
L	0.1264 °²	0.0152 °²	0.0206 °²	-	0.0258 °²	0.0358 °²	-	-	0.0496 °²
S	0.019 Å °	0.004 Å °	-0.023 Å °	0.0201 Å °	-0.0275 Å °	-0.0045 Å °	-0.0138 Å °	0.0112 Å °	0.0085 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	62 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	1	F	62 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	1	G	62 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	62 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	62 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	62 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	62 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	62 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	1	Y	1 - 7
10	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 57
11	X-RAY DIFFRACTION	1	F	2 - 57
12	X-RAY DIFFRACTION	1	G	2 - 58
13	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	1	E	2 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 57
16	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 57

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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