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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fi5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of T4 Lysozyme Mutant R96W | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / T4 lysozyme / electrostatics / strain / protein stability | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H.M. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme. 著者: Mooers, B.H. / Baase, W.A. / Wray, J.W. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His. 著者: Mooers, B.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 305.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 246.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3c7wC ![]() 3c7yC ![]() 3c7zC ![]() 3c80C ![]() 3c81C ![]() 3c82C ![]() 3c83C ![]() 3c8qC ![]() 3c8rC ![]() 3c8sC ![]() 3cdoC ![]() 3cdqC ![]() 3cdrC ![]() 3cdtC ![]() 3cdvC ![]() 1lw9S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18691.482 Da / 分子数: 4 / 変異: R96W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gene e / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IPA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→18.804 Å / Num. all: 101134 / Num. obs: 92759 / % possible obs: 70.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 12.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 19.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Num. unique all: 3111 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 41.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LW9 解像度: 1.53→18.804 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.343 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→18.804 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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