PDB-6v51: Spin-labeled T4 Lysozyme (9/131FnbY)-(4-Amino-TEMPO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v51

タイトル

Spin-labeled T4 Lysozyme (9/131FnbY)-(4-Amino-TEMPO)

要素

Endolysin

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Liu, J. / Morizumi, T. / Ou, W.L. / Wang, L. / Ernst, O.P.

資金援助

米国,

カナダ, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM118384	米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2017-06862	カナダ
Canada Excellence Research Chair Award		カナダ
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1616178	米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Genetically Encoded Quinone Methides Enabling Rapid, Site-Specific, and Photocontrolled Protein Modification with Amine Reagents.
著者: Liu, J. / Cheng, R. / Van Eps, N. / Wang, N. / Morizumi, T. / Ou, W.L. / Klauser, P.C. / Rozovsky, S. / Ernst, O.P. / Wang, L.

履歴

登録	2019年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v51.cif.gz	53.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v51.ent.gz	35.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/6v51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/6v51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p2lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1l34-d 1l46-d 1cv1-d 1l38-d 5g27-d 1l19-d 6u0b-d 3htd-d 1qt3-d 1l41-d 241l-d 1l0j-d 1l60-d 1p36-d 227l-d 1c6g-d 1p37-d 1l26-d 1cu5-d 3c82-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Endolysin

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.407, 59.407, 95.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-461- HOH

#1: タンパク質	Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 18756.447 Da / 分子数: 1 / 変異: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌) 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-QPM / 4-amino-2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-ol / 4-Amino-TEMPO 分子量: 171.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: sodium/potassium phosphate, sodium chloride, hexane-1,6-diol, 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→31.83 Å / Num. obs: 31896 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.01309 / Net I/σ(I): 40.17
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Num. unique obs: 3148 / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.061 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.13	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P2L

1p2l

解像度: 1.5→31.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	-	-
R_work	0.1684	-	-
obs	-	31894	100 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1319	0	24	201	1544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1488	1867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0491	201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2657	519

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)