PDB-6u0b: Neutron crystal structure of wtT4LD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u0b

タイトル

Neutron crystal structure of wtT4LD

要素

Endolysin

キーワード

HYDROLASE / T4 Lysozyme / cavity

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solvent entry into cavities of T4 lysozyme.
著者: Li, L. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u0b.cif.gz	80.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u0b.ent.gz	62.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u0cC 6u0fC 5vnqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l19-d 1l16-d 1l15-d 1l05-d 1l26-d 5kgr-d 245l-d 1l34-d 1l21-d 1l38-d 3c8s-d 1p36-d 3c82-d 1l02-d 1l51-d 1l58-d 1l53-d 1l0j-d 1l41-d 1g0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Endolysin

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.870, 60.870, 97.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: ~2.0 M Na/K phosphate, pH 6-7, 250 mM NaCl

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
NUCLEAR REACTOR	ORNL Spallation Neutron Source	MANDI		2	2.0-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2017年8月1日
ORNL ANGER CAMERA	2	IMAGE PLATE	2017年8月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	2	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6U0B

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.95-35	15677	99.9	5.8	0.109	1	16.7
2.1-15	10071	78.8	3.3	0.178	2	6.5

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID
1.95-2.02	0.462	4.7	1535	1
2.1-2.18	0.2743	2.68	846	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Mantid		データ削減
LaueView		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

% reflection R_free: 4.97 % / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 19.88 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5VNQ

5vnq

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.951-35	X-RAY DIFFRACTION	115.25	30.583	12.07	0.1984	0.1641	0.1658	631	15677	99.97	1	1.35
2.101-14.457	NEUTRON DIFFRACTION				0.251	0.2187	0.2204	501	10071	80.14	2	0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.951→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1309	0	1	91	1401
B_iso mean	-	-	28.4	37.82	-
残基数	-	-	-	-	164

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.101-2.3116	0.2929	111	0.2726	2125	NEUTRON DIFFRACTION	73
2.3116-2.6444	0.2441	123	0.2462	2437	NEUTRON DIFFRACTION	82
2.6444-3.3249	0.2525	141	0.2418	2501	NEUTRON DIFFRACTION	85
3.3249-14.457	0.2388	126	0.1815	2507	NEUTRON DIFFRACTION	81
1.951-2.0728	0.2648	130	0.1961	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0728-2.2328	0.1992	125	0.1633	2440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2328-2.4574	0.2216	121	0.1657	2447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4574-2.8129	0.2205	129	0.1811	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8129-3.5434	0.1873	138	0.1843	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5434-35	0.1809	136	0.1408	2616	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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