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- PDB-3fhm: Crystal structure of the CBS-domain containing protein ATU1752 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhm
タイトルCrystal structure of the CBS-domain containing protein ATU1752 from Agrobacterium tumefaciens
要素uncharacterized protein ATU1752
キーワードstructural genomics / unknown function / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / CBS domain / prokaryotic / bound nucleotide / AMP / NADH / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
CBS domain-containing protein CBSX3, CBS domain / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / CBS domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singer, A.U. / Xu, X. / Zhang, R. / Cui, H. / Kudritsdka, M. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CBS-domain containing protein ATU1752 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Singer, A.U. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Xu, X. / Dong, A. / Cui, H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein ATU1752
B: uncharacterized protein ATU1752
C: uncharacterized protein ATU1752
D: uncharacterized protein ATU1752
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,81916
ポリマ－70,3844
非ポリマー4,43512
水84747
1
A: uncharacterized protein ATU1752
D: uncharacterized protein ATU1752
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4098
ポリマ－35,1922
非ポリマー2,2176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
2
B: uncharacterized protein ATU1752
C: uncharacterized protein ATU1752
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4098
ポリマ－35,1922
非ポリマー2,2176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.247, 58.075, 59.056
Angle α, β, γ (deg.)115.21, 106.15, 94.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A-5 - 211
2113B-5 - 211
3113C-5 - 211
4113D-5 - 211
詳細Dimer as represented by molecules B and C

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要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein ATU1752


分子量: 17595.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: not cleaved with TEV.
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: AGR_C_3216, Atu1752 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A9CIP4
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris 8.0, 0.2 M LiSO4, 30% PEG 4K plus 0.015 mg/ml V8 protease. Cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.37 Å / Num. all: 24264 / Num. obs: 19824 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.55
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 143 / % possible all: 11.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MrBUMP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model of protein made from 3rc3 using MrBUMP

3rc3


解像度: 2.7→30.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 27.186 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.855 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26164 783 5.2 %RANDOM
Rwork0.19536 ---
obs0.19887 14238 91.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0.03 Å20.02 Å2
2--0.02 Å2-0.08 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3829 0 288 47 4164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2512.0355690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6975516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90323.642151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.66115669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.071532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3420.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A496tight positional0.080.05
2B496tight positional0.090.05
3C496tight positional0.080.05
4D496tight positional0.080.05
1A482loose positional0.625
2B482loose positional0.535
3C482loose positional0.645
4D482loose positional0.625
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.51 46 -
Rwork0.322 875 -
obs--76.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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